• A
  • A
  • A
  • АБВ
  • АБВ
  • АБВ
  • А
  • А
  • А
  • А
  • А
Обычная версия сайта

Зимняя школа-конференция по биоинформатике

 

Программа мероприятия

День1
28 февраля
10.00-11.30
Генетика
10:00 - 10:10
Определение родительского происхождения гаплотипов индивидов по данным эксперимента Fiber-Seq

Даниил Хлебников, Андрей Миронов, Александр Гимельбрант МГУ, ИППИ

10:10 - 10:20
Генетический спектр BMPR2 пациентов с ИЛАГ российской популяции: результаты WGS и метаанализа

Охрименко Г.С., Замятин В.И., Боровикова И.И., Никулин Д.А., Зобова Е.В., Затейщиков Д.А., Попцова М.С. ВШЭ

10:20 - 10:25
 GWAS и полигенные шкалы риска для депрессии и тревожности 

Леушин Артем Дмитриевич ВШЭ, Genotek
 

10:25 - 10:35
Исследование генов, ассоциированных с несколькими моногенными заболеваниями 

Фоменко Е.А., Раменский В.Е.       ФББ МГУ
 

10:35 - 10:45
Предсказание гаплогрупп и оценка контаминации гаплоидной ДНК на основе моделей правдоподобия генотипов.  

Гаянов Никита Владимирович           ВШЭ
 

10:45 - 10:50
Точность модели SMC' в популяции со структурой

Шишкин Михаил Александрович             ВШЭ
 

10:50 - 10:55
Метод оценки эффективного размера популяции по правдоподобию генотипов 

Мирный Игорь Дмитриевич            ВШЭ
 

10:55 - 11:00
Inference of admixture graphs using GFlowNet

Шмелев Алексей Валерьевич             ВШЭ
 

11:00 - 11:05
Анализ генетического разнообразия популяции на основе предковых графов рекомбинаций

Антипович Виталий Олегович             ВШЭ
 

11:05 - 11:10
Неравновесное сцепление в birth-death моделях

Горбач Елизавета Леонидовна             ВШЭ
 

11:10 - 11:20
Neuroroulette: Предсказание скорости возникновения однонуклеотидных мутаций в геноме человека с помощью методов искусственного интеллекта

Вяльцев В.В., Пензар Д.Д., Кулаковский И.В.        ФББ МГУ
 

11:20 - 11:25
 Изучение влияния генетических мутаций на структурные и функциональные характеристики белков, связанных с патогенезом атеросклероза и ишемической болезни сердца

Фам Т. Х. З, Ашниев Г. А.       ВШЭ
 

11:25 - 11:30
Палеогеномика кочевников скифского типа

Пушкина О.И., Недолжуко А.В., Чугунов К.В., Гельфанд М.С.        Сколтех
 

11:30 - 12:00
Кофе-брейк
12:00 - 13:30
Метагеномика. Регуляция у прокариот
12:00 - 12:10
Биоразнообразие грибов и бактерий: исследования от валежа к почвам 

Бессонова Т. А., Савельев Д. С., Шелякин П. В., Волобуев С. В., Тутукина М.Н., Бобровский М. В., Ханина Л. Г.       1. Институт биофизики клетки РАН ФИЦ ПНЦБИ РАН 2. Институт математических проблем биологии РАН, филиал Института прикладной математики им. М.В. Келдыша РАН 3. Институт общей генетики им. Н.И.Вавилова РАН
 

12:10 - 12:20
Исследование микробного разнообразия и молекулярных часов в морских мерзлотных отложениях Тикси, Якутия: от таксономического анализа к оценке древности бактерий. 

Шевченко А. Ю., Спирина Е. В., Тутукина М. Н., Гельфанд М. С., Абрамов А. А.       Сколтех
 

12:20 - 12:25
 Разнообразие микробиома мшанок Белого моря

Дукат А. М., Гельфанд М. С.       Сколтех
 

12:25 - 12:30
Oral Microbiome Diversity: Insights from a Large-Scale Pilot Study of 5,000 Samples in Russia

Козлова Александра Дмитриевна            ВШЭ, Genotek
 

12:30 - 12:35
Genomics-based reconstruction of inulin, lignin and glycogen degradation pathways in the human gut microbiome

German A. Ashniev, Dmitry A. Rodionov, Mikhail S. Gelfand        ИППИ
 

12:35 - 12:40
Реконструкция метаболических путей деградации полисахаридов бактериями кишечника рода Prevotella

Генрих Альфредович Ашниев, Михаил Сергеевич Гельфанд, Герман Альфредович Ашниев, Дмитрий Александрович Родионов         ИППИ
 

12:40 - 12:55
 Транскрипционный шум и некодирующие РНК в переключении образа жизни бактерий

Тутукина М.Н., Казнадзей А.Д., Бессонова Т.А.,Гельфанд М.С.        ИППИ, Сколтех, ИОГен
 

12:55 - 13:05
 Исследование влияния белков-регуляторов метаболизма участников пути Эшвелла на образование биопленок у Escherichia coli

Кузнецова У.Д., Бессонова Т.А., Тутукина М.Н.       ИОГен, РНИМУ им. Н.И. Пирогова
 

13:05 - 13:15
Поиск лигандов, регулирующих белки, участвующие в формировании биопленок в Escherichia coli

Магкаев А. Т., Кузнецова У.Д., Бессонова Т.А., Тутукина М.Н.        ВШЭ, ИОГен
 

13:15 - 13:25
 Регулятор транскрипции CsqR (YihW) из пробиотического штамма E. coli Nissle 1917: тонкая настройка экспрессии

Колонский А.Е. , Дукат А.М., Тутукина М.Н., Гельфанд М.С.       Сколтех
 

13:25 - 13:35
Филогения ферментов пути сульфо–Эмбдена–Мейергофа–Парнаса у бактерий

Рыбина АA, Гельфанд МС.        Сколтех
 

13:35 - 15:30
Обед
15:30 - 17:00
Белки - функции и эволюция
15:30 - 15:35
Protein-based language models and geometric deep learning for predicting protein-protein interactions.

Давид Артеага, Никита Чернов        ВШЭ
 

15:35 - 15:40
«Блочное» выравнивание белковых последовательностей: построение и анализ

Левин И. М., Русинов И. С., Алексеевский А. В.        МГУ
 

15:40 - 15:45
Блочное выравнивание близкородственных геномов прокариот

Алексеевский А.Б., Иван Черных, Максим Арден        МГУ

15:45 - 15:50
Классификация ДНК-метилтрансфераз

Алексеевский А.Б., Самохина М.Е.        МГУ
 

15:50 - 16:00
Системы рестрикции-модификации, содержащие эндонуклеазу рестрикции семейства RE_AlwI и одну или две ДНК-метилтрансферазы семейства N6_N4_Mtase

А.И.Попова, А.В.Алексеевский, И.С.Русинов, С.А.Спирин        ВШЭ и НИИ ФХБ им. Белозерского МГУ
 

16:00 - 16:10
Защитные системы внутриклеточных паразитов

Ириоглов Роман Андреевич, Алексеевский Андрей Владимирович        МГУ
 

16:10 - 16:20
Классификация эндонуклеаз рестрикции по сходству последовательности каталитического домена 

Русинов И.С., Спирин С.А., Карягина А.С., Алексеевский А.В.       МГУ
 

16:20 - 16:25
Предсказание белков систем рестрикции-модификации в микробиомах человека

А.А. Каштан, А.В. Алексеевский, А.С. Карягина, С.А. Спирин        ФББ МГУ
 

16:25 - 16:30
Биоинформатическое предсказание сетей протеолитических взаимодействий в клетке человека

Матвеев Е.В., Казанов М.Д.        Сколтех, 1. НМИЦ ДГОИ им. Д. Рогачёва. 2. Институт Общей Генетики им. Н.И. Вавилова РАН.
 

16:30 - 16:35
Сравнительный анализ протеолитической активации эндоцитарных путей проникновения в клетку патогенных вирусов человека. 

Матвеев Е. В., Казанов М. Д.       1. НМИЦ ДГОИ им. Д. Рогачёва. 2. Институт Общей Генетики им. Н.И. Вавилова РАН.
 

16:35 - 16:40
Моделирование взаимодействия кислорода с фотосистемой 1 у Synechococcus elongatus

Вольхин И.А., Милановский Г.Е., Семенов А.Ю.        МГУ
 

16:40 - 16:50
Глубокое мутационное сканирование и эпистаз в белках

Коломникова Д.Ю., Антонец Д.В., Шабурова Е.В., Раменский В.Е.        Институт искусственного интеллекта МГУ, Лаборатория «ИИ в биоинформатике и медицине»
 

16:50 - 16:55
Поиск радикализации аминокислотных замен в поверхностных белках вируса гриппа А, ассоциированной с ухудшением приспособленности аллелей

Прокопович Апполинария Константиновна             ВШЭ
 

16:55 - 17:00
Эволюционный анализ бактериальных гомологов семейства белков сиртуинов

Шокодько И.А., Гельфанд М.С.        ВШЭ
 

17:00 - 17:30
Кофе-брейк
17:30 - 19:00
Хроматин и эпигеномика
17:30 - 17:35
Эволюция цинковых пальцев CTCF и их роль в предсказании сайтов связывания на ДНК

Дрозд Я.Г., Гельфанд М.С.        ФББ МГУ
 

17:35 - 17:40
Исследование cубкомпартментов хроматина в нейронах и олигодендроцитах.

Кузнеченкова Е.Ю., Кононкова А.Д., Храмеева Е.Е.        МГУ
 

17:40 - 17:50
Интеграция HiMoRNA и RNA-Chrom: подтверждение функциональной роли длинных некодирующих РНК в эпигенетической регуляции генов человека с помощью данных РНК-хроматинового интерактома

Рябых Г.К., Ильницкий И.С., Маракулина Д.А., Миронов А.А., Медведева Ю.А.        МГУ, ИОГен РАН
 

17:50 - 18:00
Конвейер универсальной обработки данных РНК-хроматиновых взаимодействий NF-RnaChrom

Ильницкий И.С. , Рябых Г.К, Сигорских А.И., Никольская А., Марков И., Жарикова А.А. , Миронов А.А.         МГУ, ИППИ, ИОГЕН РАН
 

18:00 - 18:05
Мультиомиксные данные в исследовании макромолекулярных взаимодействий

Жарикова А.А., Миронов А.А.        МГУ
 

18:05 - 18:10
Hmardic: процедура поиска взаимодействий РНК-ДНК

Косимов М.Н., Жарикова А.А., Миронов А.А.        МГУ
 

18:10 - 18:15
Белковые футпринты в РНК-хроматиновых интерактомах

Валяева А.А., Жарикова А.А., Миронов А.А.        МГУ
 

18:15 - 18:25
 Импутация данных РНК-белковых взаимодействий для поиска новых триад «ДНК-РНК-белок»

Рыбаков Арсений Константинович, Хлебников Даниил Алексеевич, Миронов Андрей Александрович       МГУ
 

18:25 - 18:35
Интерактомные эксперименты: анализ РНК-частей контактов

Гаркуль Л.Д., Жарикова А.А., Миронов А.А        МГУ
 

18:35 - 18:45
Анализ неаннотированных хроматин-ассоциированных некодирующих РНК

Компаниец М.А, Рябых Г.К., Миронов А.А.        МГУ
 

18:45 - 18:50
Обработка множественно картированных чтений эксперимента Red-C

Капшай О.С., Бердникович Е.А., Миронов А.А.        МГУ
 

18:50 - 18:55
Универсальный способ поиска “пиков” в данных РНК-хроматинового интерактома класса “один-против-всех” 

Овчинникова Д.Ю., Рябых Г.К., Миронов А.А.       МГУ
 

18:55 - 19-00
Графовый анализ макромолекулярных взаимодействий 

Малышев А.Д., Жарикова А.А., Миронов А.А.       МГУ
 

День2
1 марта
10:00 - 11:30
Эволюция - вирусы и прокариоты
10:00 - 10:10
 VGsim: масштабируемый симулятор вирусных генеалогий  

Спирин Вадим Витальевич         ВШЭ
 

10:10 - 10:15
History of the geographic distribution of subgenotype IA of Hepatovirus A in Eurasia

Дудковская Анастасия Вадимовна             ВШЭ
 

10:15 - 10:20
 Эпизодический отбор в поверхностых белках вируса гриппа А

Попова Анфиса Витальевна            ВШЭ
 

10:20 - 10:25
Влияние карантина по Covid-19 на эволюция вирусов гриппа

Ватолкина НИка Александровна             ВШЭ
 

10:25 - 10:35
 Изучение генетической рекомбинации внутри и между таксонами бактериофагов разного ранга

С.Д. Машкова, А.В. Алексеевский, С.А. Спирин, И.Ш. Белалов       ФББ МГУ
 

10:35 - 10:40
Реконструкция эволюционной истории бактериальных родов с многокомпонентными геномами

Драненко Наталия Олеговна, Гельфанд Михаил Сергеевич        Сколтех
 

10:40 - 10:50
 Эволюция бактерия Myxococcota

Шушкевич Е.П., Гельфанд М.С.       МФТИ
 

10:50 - 11:00
Фазовые вариации в геномах Bacteroides

Колодяжная Катя        
 

11:00 - 11:05
Древнеримская капсула времени: характеристика 8 бацилл из римской амфоры IV-V века н.э.

Arseny Sukhodolsky, Andrea Colautti, Giuseppe Comi, Enrico Peterlunger, Daniele Pasini, Lucilla Iacumin, Mikhail Gelfand        Сколтех

11:05 - 11:15
Исследование эволюции межгенных областей E.coli

Михайлова Е.С., Гельфанд М.С.        МГУ
 

11:15 - 11:25
Перекрывающиеся гены в бактериальных геномах 

Арсений Суходольский, Михаил Гельфанд, Анна Казнадзей      Сколтех

11:25 - 11:30
Исследование альтернативного генетического кода у бактерий Providencia siddallii 

Милованова А.Н., Гельфанд М.С.       ВШЭ
 

11:30 - 12:00
Кофе-брейк
12:00 - 13:30
Эволюция и филогенетика
12:00 - 12:10
Повышение частоты мутаций в окрестности экспериментально подтвержденных G-квадруплексов в геноме человека

Алексеевский А.Б.    Вера Панова         МГУ
 

12:10 - 12:15
Роль генных дупликаций в видообразовании байкальских бокоплавов

Яков Д. Коробицын, Дмитрий А. Фёдоров, Георгий А. Базыкин, Валентина О. Бурская        МГУ
 

12:15 - 12:25
 Геномные адаптации к низкотемпературным условиям на примере экстремофильной хирономиды D. permacra 

Дрозд Я.Г., Шайхутдинов Н.      ФББ МГУ
 

12:25 - 12:35
Релаксированный отбор в эволюции двуродительского наследования митохондрий у двустворчатых моллюсков

 Дмитрий А. Фёдоров, Маргарита В. Ежова,  Глафира Д. Колбасова, Георгий А. Базыкин , Дмитрий А. Кнорре, Татьяна В. Неретина        Сколтех
 

12:35 - 12:45
Анализ геномных перестроек у пациентов с раком простаты

Песковацкова Е.С., Жарикова А.А., Миронов А.А.        ФББ МГУ
 

12:45 - 12:50
Исследование эволюции молодых донорных и акцепторных сайтов сплайсинга

Воропаев И.С., Денисов С.В, Гельфанд М.С.        Сколтех
 

12:50 - 13:00
Posterior mean site rate model implementation for IQ-Tree

Пухов Степан Олегович       МГУ
 

13:00 - 13:10
Contamination-aware reconciliation model implementation for AleRax

Пухов Степан Олегович       МГУ
 

13:10 - 13:15
Обучение партиционных моделей для построения деревьев по выравниваниям содержащим информацию о пространственной структуре белка 

Чугук Александр Сергеевич, Пухов Степан Олегович       РТУ МИРЭА
 

13:15 - 13:25
 Создание бенчмарка для тестирования филогенетических программ на выравниваниях нуклеотидных последовательностей

Д.Д. Латорцева, С.А. Спирин        ФББ МГУ
 

13:25 - 15:30
Обед
15:30 - 17:00
Разнообразная регуляция
15:30 - 15:35
Вторичные структуры ДНК и поликомб-репрессивный комплекс 2 (PRC2) в клетках нейронов и глии 

Булат Рахимов, Владимир Куратцев, Дмитирий Коновалов, Мария Попцова, Екатерина Храмеева       ВШЭ
 

15:35 - 15:40
Моделирование влияния Polycomb петель на компартментализацию хроматина  

Якушев Александр Сергеевич, Жарикова Анастасия Александровна, Храмеева Екатерина Евгеньевна      ФББ МГУ
 

15:40 - 15:45
Механизмы регуляциии посредством совместного действия некодирующей РНК и вторичных структур ДНК

Шемякин Георгий, Попцова Мария Сергеевна    ВШЭ
 

15:45 - 15:50
ДНК-РНК интерактом суперэнхансеров и предсказание локусов Z-ДНК, функциональный анализ распределения мутаций суперэнхансеров

Макусь Юлия Валерьевна, Ашниев Герман Альфредович        ВШЭ
 

15:50 - 15:55
Предсказание профилей экспрессии микроРНК по экспрессии РНК

Хабиб Р.А.С., Попцова М.С.        ВШЭ
 

15:55 - 16:00
Discrete Diffusion fo the task of DNA generation

Мухаммад Хашам, Попцова МС        ВШЭ
 

16:00 - 16:10
Предсказание шума в данных РНК-ДНК взаимодействий методами машинного обучения  

Звездин Д.С., Жарикова А.А., Миронов А.А.      ФББ МГУ
 

16:10 - 16:20
Применение методов искусственного интеллекта в задаче исследования эпигенетической регуляции и дизайне систем инженерии эпигенома

Алексеев Кирилл Игоревич, Шайтан Алексей Константинович        Биологический факультет МГУ имени М.В.Ломоносова, Кафедра биоинженерии
 

16:20 - 16:30
 Изучение влияния 20-гидроксиэкдизона на транскрипцию генов-мишеней с помощью экспрессии транспортера гормона E23 в тканях Drosophila melanogaster

Евдокимова Александра Алексеевна, Воробьёва Надежда Евгеньевна        ВШЭ
 

16:30 - 16:40
Изучение регуляторных сетей Dictyostelium discoideum

Егоров Е.С. Жегалова И.В.        ФББ МГУ
 

16:40 - 16:45
 Регуляторы метаболизма никеля семейства CsoR

Суворова Инна Андреевна       ИППИ, Сколтех
 

16:45 - 16:55
Potential role of RNA and DNA Adenine Methylation in R-loops Regulation in E.coli 

Олейникова Е.Ю., Рузов А.С., Жигалова Н.А.       ФИЦ «Фундаментальные основы биотехнологии» РАН
 

16:55 - 17:30
Кофе-брейк
17:30 - 19:00
On-line and Quodlibet
17:30 - 17:35
Изучение доменной архитектуры белков нуклеоплазминового семейства 

Зуев Д., Ильницкий И., Миронов А.       МГУ
 

17:35 - 17:40
Поиск закономерностей в эволюции последовательности основного домена белка Tat

Суворова Александра Алексеевна,  Богомаз Олеся Денисовна, Жарикова Анастасия Александровна, Шеваль Евгений Валерьевич        МГУ
 

17:40 - 17:50
Возникновение хроматиновых петель в эволюции базальных многоклеточных  

Nikolai S. Bykov, Iana V. Kim, Cristina Navarrete, Xavier Grau-Bové, Marta Iglesias, Anamaria Elek, Grygoriy Zolotarov, Sean A. Montgomery, Ewa Ksiezopolska, Didac Cañas-Armenteros, Joan J. Soto-Angel, Sally P. Leys, Pawel Burkhardt, Hiroshi Suga, Alex de Mendoza, Marc A. Marti-Renom, Arnau Sebé-Pedrós      Сколтех, CRG

17:50 - 18:00
Evolution of T-boxes

Григорашвили Елизавета Игоревна    
 

18:00 - 18:10
 Ecological determinants of the specific and individualized responses of the gut microbiome to dietary fibre in humans

Николаева Д. Д., Armet A. A., Li F., Гельфанд М. С., Walter J       Сколтех, University College Cork
 

18:10 - 18:20
Новые эндогенные лентивирусы у китообразных  

Богомаз ОД, Жарикова АА, Шеваль ЕА      МГУ
 

18:20 - 18:30
Поиск последовательностей ДНК, ассоциированных со способностью птиц к инновационному поведению и решению задач 

Денисова Александра Андреевна       МГУ
 

18:30 - 18:35
Метод моделирования миграции птиц с использованием данных общественных наблюдений (eBird).

Попова Анна Олеговна             ВШЭ
 

18:35 - 18:40
 Сборка и аннотация геномов корнеголового рака и его хозяина  

Т. М. Яньшина, М. С. Гельфанд    Сколтех
 

18:40 - 18:45
 Однонуклеотидные треки в последовательностях геномов 

Хлебнова Е. А., Алексеевский А. В.      РНИМУ им. Н. И. Пирогова
 

18:45 - 18:50
 Анализ репертуаров Т-клеточных рецепторов здоровых доноров и пациентов с сахарным диабетом 2 типа

Будкина Анна Юрьевна            ВШЭ
 

18:50 - 18:55
Применение больших языковых моделей для предсказания функций белковых последовательностей

Воронцова Дарья Васильевна, Умеренков Дмитрий Евгеньевич        ВШЭ
 

18:55 - 19:05
SKYQUANT 3D: новейший инструмент для для анализа и количественной оценки 3D оптоакустических ангиограмм

Кудряшова Н.И., Коробов А.Ю., Беседовская З.В., Немирова С.В., Субочев П.В., Дылов Д.В., Гельфанд М.С.        Сколтех
 

День3
2 марта
10:00 - 11:30
Машинное обучение
10:00 - 10:10
Создание базовых наборов данных для сравнения моделей машинного обучения в задаче моделирования результатов массовых параллельных репортерных экспериментов

Пензин Н.С., Пензар Д.Д., Зинкевич А.О., Кулаковский И.В        МГУ
 

10:10 - 10:15
Воспроизводимость классических моделей машинного обучения на примере медицинских датасетов 

Долгодворова М.А., Пьяных О.С.      ВШЭ
 

10:15 - 10:20
Методы интерпретации HyenaDNA

Подвальный Артем, Попцова Мария Сергеевна        ВШЭ
 

10:20 - 10:25
Использование персонализированных геномов для дообучения LegNet

Смирнова Д. А. , Пензар Д. Д. , Зинкевич А. О        МГУ
 

10:25 - 10:30
Создание инструмента для аннотации VCF файлов с использование предобученных моделей

Мурашка В. В., Пензар Д. Д., Зинкевич А. О.        МГУ
 

10:30 - 10:40
GQ-DNABERT демонстрирует взаимодействия энхансерного и промоторного квадруплекса, связанные с тканеспецифической транскрипцией

Коновалов Д.Л. Умеренков Д.Е., Попцова М.С, Герберт А.        ВШЭ
 

10:40 - 10:50
 Использование нейросетевых методов для поиска новых групп вирусов

Гуков Борис Сергеевич, Зинкевич Арсений Олегович, Пензар Дмитрий Дмитриевич       МГУ
 

10:50 - 10:55
Поиск мутаций в геноме возбудителя туберкулеза, определяющих устойчивость к лекарственным препаратам, с помощью нейросетевой модели многометковой классификации с использованием меткоспецифичных признаков

Дьячкова Наталия Александровна             ВШЭ
 

10:55 - 11:00
Предсказание генетических особенностей глиом головного мозга по данным МРТ методами машинного обучения

Бурцев Артем Николаевич, Пьяных Олег Станиславович        ВШЭ
 

11:00 - 11:10
DeepGQ: Исследование динамики G-квадруплексов и их роли в тканеспецифической регуляции генов

Башкатов А.Б., Попцова М.С., Герберт А., Коновалов Д.        ВШЭ
 

11:10 - 11:15
Перекрестные предсказания структуры хроматина эукариот

Школиков А.С., Галицына А.А., Миронов А.А., Гельфанд М.С.         ФББ МГУ, ИОГен РАН
 

11:15 - 11:25
 Применение машинного обучения для классификации структур хроматина в различных организмах 

Скрипка ДД Гельфанд МС, Галицына АА      МГУ
 

11:25 - 12:00
Кофе-брейк
12:00 - 13:30
Нейронные сети - регуляция транскрипции
12:00 - 12:10
 Открытый конкурс IBIS по предсказанию специфичности связывания факторов транскрипции человека

Дмитрий Пензар, Иван Козин, Сергей Абрамов, Александр Бойцов, Никита Грызунов, The Codebook/GRECO-BIT Consortium, Иван Кулаковский       МГУ
 

12:10 - 12:15
Перенос знания о связывании ДНК транскрипционными факторами между разными типами данных 

Бушуев С.Е., Пензар Д.Д., Зинкевич А.О., Кулаковский И.В.       МГУ
 

12:15 - 12:25
Модели специфичности связывания человеческих транскрипционных факторов на основе множества видов экспериментальных данных 

Грызунов Н.С., Пензар Д.Д., Зинкевич А.О., Кулаковский И.В.       МГУ
 

12:25 - 12:35
 Моделирование регуляторной грамматики с использованием нейросетей для предсказания профилей транскрипции и тканевой специфичности 

Грызунов Н.С., Пензар Д.Д., Зинкевич А.О., Кулаковский И.В.      МГУ
 

12:35 - 12:45
Фреймворк PARADE для предсказания и генерации нетранслируемых регионов мРНК с тканеспецифичной активностью

А.О. Зинкевич, Е.О. Аристова, Д.Д. Пензар, И.В. Кулаковский        МГУ
 

12:45 - 12:50
 Улучшение предсказания активности энхансерных последовательностей при помощи алгоритмов машинного обучения

Зубова Е.А., Пензар Д.Д., Зинкевич А.О.       МГУ
 

12:50 - 13:00
Сравнительный анализ эффективности вычислительных методов для обнаружения ДНК-мотивов связывания факторов транскрипции по данным высокопроизводительных экспериментов 

Ivan Kozin,  The Codebook/GRECO-BIT Consortium.       МГУ
 

13:00 - 13:10
 Интерпретация предсказаний сверточных нейронных сетей для регуляторных регионов генома

Лабанов В.А., Пензар Д.Д., Зинкевич А.О.       МГУ
 

13:10 - 13:15
Прогнозирование активности генных регуляторных элементов на основе данных MPRA с использованием DL-моделей

Сидиков Д.И Пензар. Д.Д Зинкевич. А.О        МГУ
 

13:15 - 13:25
Применение ДНК-языковых моделей для предсказания связывания транскрипционных факторов

Стрекаловских Вадим Владимирович, Пензар Дмитрий Дмитриевич, Зинкевич Арсений Олегович        МГУ
 

13:25 - 15:30
Обед
15:30 - 17:00
Транскриптомика
15:30 - 15:40
Gene expression and natural selection during metamorphosis in two distant Drosophila species

Александра Озерова, Михаил Сергеевич Гельфанд        Сколтех
 

15:40 - 15:50
 Транскриптомный анализ эмбрионов речной миноги (Lampetra fluviatilis) 

Александра Михайловна Озерова, Востокова Е. В., Михаил Сергеевич Гельфанд      МГУ
 

15:50 - 16:00
 Инициация транскрипции в перицентромерных участках генома человека

Никитин П.А., Жарикова А.А., Спангенберг В.Е., Сидоров С.И.       МГУ
 

16:00 - 16:10
Характеристика ядрышкового транскриптома клеток HeLa

Коновалова Евгения Владимировна, Шеваль Евгений Валерьевич, Валяева Анна Александровна       МГУ
 

16:10 - 16:15
Вариабельность и тканеспецифичность профилей поли(А)-последовательностей мРНК

Никольская Арина Игоревна, Жарикова Анастасия Александровна, Миронов Андрей Александрович        МГУ
 

16:15 - 16:20
Предсказание субклеточной локализации РНК  

Тюкаев А.А., Жарикова А.А., Миронов А.А.      МГУ
 

16:20 - 16:30
Сравнение методов предсказания экспрессии генов в единичных клетках после химических воздействий малыми молекулами

Маркелова Е.Е., Смирнов В.М., Антонец Д.В., Минин А.Р., Штокало Д.Н., Вяткин Ю.В., Медведева Ю.А., Раменский В.Е.        Институт искусственного интеллекта МГУ, Лаборатория «ИИ в биоинформатике и медицине»
 

16:30 - 16:40
Дружественные паттерны экспрессии иногда предсказывают тип ткани    

A.Favorov, D.Lvovs, A.Kroshin, A.Suvorikova

16:40 - 16:50
 Изменение пространственной экспрессии генов в стареющем неокортексе 

Бусыгин Сергей, Хайтович Филипп, Сонг Женжен, Черняева Мария      Сколтех
 

16:50 - 17:00
RNA-seq вируса оспы обезьян указывает на активность ферментов APOBEC3 по отношению к вирусным транскриптам

Абасов Р.Х., Лыскова А. О., Пономарёв Г. В., Матвеев Е.В., Казанов М.Д.    Анализ данных     НМИЦ ДГОИ им. Д. Рогачёва, Институт Общей Генетики им. Н.И. Вавилова РАН
 

17:00 - 17:30
Кофе-брейк
17:30 - 19:00
Эпигеномика, транскриптомика и прочие омики
17:30 - 17:40
 Еще раз про множественое тестирование

Миронов А.А.           ФББ МГУ, ИОГен РАН
 

17:40 - 17:45
Взаимодействия макрофагов с опухолью на данных одноклеточного секвенирования

Мария Ситникова        ВШЭ
 

17:45 - 17:55
Одноклеточное секвенирование клеток глиобластомы раскрывает роль опухоль-ассоциированных фибробластов в прогрессии заболевания

Исмаилов Алы Мехти оглы, Попцова Мария Сергеевна        ВШЭ
 

17:55 - 18:00
 Интерпретируемая модель машинного зрения для анализа single-cell данных по диабету 2-ого типа с учетом популяционной принадлежности  

Мосевнин Кирилл Владимирович         ВШЭ
 

18:00 - 18:05
Изучение изменения метаболизма лимфоцитов переферической крови по данным single-cell профилирования экспрессии при диабете 2-ого типа

Феофанова Полина Денисовна             ВШЭ
 

18:05 - 18:15
 Широкий поиск посттрансляционных модификаций белков по данным масс-спектрометрического анализа  

Ю.Ю. Строгов, С.А. Спирин, А.Ю. Ефименко, О.И. Клычников    ФББ МГУ
 

18:15 - 18:20
 База данных корреляций экспериментов ENCODE

Абзалимов Амир Ришатович, Ильницкий Иван Сергеевич, Миронов Андрей Александрович       МГУ
 

18:20 - 18:25
Интерпретация моделей глубокого обучения на основе омиксных данных методами xAI

Анна Лаптева, Наталья Михайловская, Амелия        ВШЭ
 

18:25 - 18:30
Интерпретация моделей глубокого обучения на основе омиксных данных методами xAI

Михайловская Наталья, Анна Лаптева, Амелия        ВШЭ
 

18:30 - 18:40
Генерация тканеспецифических регуляторных последовательностей РНК человека при помощи диффузионных методов фреймворка PARADE

 Е.О. Аристова, А.О. Зинкевич, Д.Д. Пензар, И.В. Кулаковский        МГУ
 

18:40 - 18:50
Сигнал отрицательного отбора на переключения между стоп-кодонами в данных полиморфизма H. sapiens и D. melanogaster 

Вахрушева Ольга Александровна, В.С. Шиков, Г.А. Базыкин      Сколтех