О лаборатории

Тандемная масс-спектрометрия — базовый метод идентификации молекул в сложных смесях (например, кровь, клетки, пища) в таких областях как:

• протеомика — для идентификации белков в биологических образцах;
• медицина — для идентификации белков, связанных с раком или другими заболеваниями;
• фармацевтика — для определения молекулярных эффектов новых лекарств;
• анализ загрязнения окружающей среды — для определения безопасности воздуха, воды, почвы и продукты питания и для обнаружения в них загрязнений, тяжелых металлов, гормонов, пестицидов и гербицидов;
• судебно-медицинский анализ — для поиска улик при расследовании поджогов, наркоторговли;
• метаболомика — для выявления малых молекул, используемых бактериями для коммуникации в микробиоме.

Проект №1. Компьютерное аннотирование данных масс-спектров может быть верным или ошибочным, но человек-проверяющий не способен увидеть разницу. Мы разрабатываем и исследуем рандомизированные тесты для присвоения точных оценок доверия аннотациям.

Проект №2. Функции оценки — это основные методы аннотирования спектров. Мы разрабатываем методы глубокого обучения для функций оценки с лучшей дискриминационной способностью за счет использования объяснимой информации, полученной из спектральных данных.

Проект №3. Сложные модели глубокого обучения с миллионами параметров могут обнаружить незаметные подсказки в данных, чтобы обеспечить предсказание, кажущееся правильным, хотя и без обучения стандартному обобщению или без процесса рассуждения, подобного человеческому. Этот подводный камень известен как эффект умного Ганса. Мы разрабатываем и исследуем нейросимволические методы, технологии дифференцируемого рассуждения со сквозным обучением, чтобы научиться рассуждать в общих данных и объяснять аннотировании спектра данных.