Прошел технический семинар, посвященный работе с репозиторием группы

Мы представили закрытый Github репозиторий группы и показали интересующимся, как пользоваться системой контроля версий Git. Кроме того, мы представили вводный IPython notebook, созданный для тех членов НУГ, которые ранее не занимались машинным обучением на данных нейроимаджинга. Наконец, кратко обсудили, как устроена коррекция на множественное сравнение при статистическом сравнении групп.

 Технический семинар прошел следующим образом
 
1. Дмитрий Петров представил Github репозиторий группы. Репозиторий является закрытым и содержит следующие разделы:

— статьи (на данный момент выложена подборка статей по двум темам: спектр Лапласиана графов и классификация с помощью графовых ядер);
— презентации (презентации семинаров по теме машинного обучения на коннектомах, которые мы проводили в 2015 году);
— тезисы членов группы с конференции ИтиС-2015;
— файл с описанием задач группы и планов на ближайшие несколько месяцев;
— вводный IPython notebook;
— данные UCLA, содержащие структурные коннектомы групп нормы и высокофункционального аутизма.
 
2. Сергей Королев научил пользоваться Git и Github тех, кто не умел это делать или делал не очень уверенно.
 
3. Юлия Додонова и Дмитрий Петров показали вводный IPython notebook, созданный для тех членов НУГ, которые ранее не работали над тематикой машинного обучения на данных нейроимаджинга. Там находятся сниппеты кода, которые позволяют делать следующее

— загружать коннектомы в виде матриц;
— нормализовывать их;
— разворачивать их в «мешок ребер»;
— понимать на конкретных примерах, как удобнее организовывать подсчет локальных и глобальных метрик на графах;
— находить и визуализировать спектр нормализованного Лапласиана графа;
— понимать на конкретном примере, как может быть реализовано ядро на графах и SVM-классификатор с этим ядром;
—строить пайплайны машинного обучения;
— визуализировать результаты классификации (строить ROC-кривую, confusion matrix).

4. Анна Ткачев рассказала, как устроена коррекция на множественное сравнение при статистическом сравнении групп – в частности, поправка Бонферрони. Этот вопрос возник на предыдущем семинаре при обсуждении статьи, в которой сравнивались результаты классификации на основе выходов различных алгоритмов трактографии.