Семинары

Семинары 2017 года:

13 декабря 2017: Neuroscience reading group

Мы начали отдельное направление семинара - Neuroscience reading group, в рамках которого будем регулярно читать и обсуждать статьи из ведущих научных журналов в области нейронаук. В рамках первой встречи была разобрана статья, посвященная уточнению алгоритмов зонирования коры головного мозга на основе интеграции мультимодальных данных. Подробнее о семинаре.

20 ноября 2017: Deep_pipe: библиотека для глубокого обучения на медицинских снимках

Сотрудники сектора "Анализ данных в нейронауках" ИППИ РАН Егор Кривов и Максим Писов представили разработанную ими библиотеку для реализации архитектур глубокого обучения на биомедицинских данных, в том числе на данных нейровизуализации. Подробнее о семинаре.

13 ноября 2017: Использование гауссовских процессов для выявления связи между генотипом и фенотипом в данных Enroll-HD

In this work we consider Functional Dimensionality Reduction for Gaussian Processes applied for investigation of Huntington Disease. We are going to give short theoretical overview of the method, remind what is Gaussian Processes, discuss PCA and Sparse PCA, consider methods of calculation explained variance in case of not orthogonal loads. Also we will look at synthetic samples of using EDR-GP and present our library edr-gp. The major part of this work is dedicated to results of applying this approach to EnrollHD database. Подробнее о семинаре.

30 октября 2017: Актуальные исследования в коннектомике

Студент НУГ Анвар Курмуков рассказал о последних работах по коннектомам, в том числе о нескольких работах с конференции MICCAI: как с основного трека, так и с двух профильных воркшопов о сетевых структурах - CNI и GRAIL. Вместе с Аягоз Мусабаевой они также рассказали об исследовательском проекте, который начали совместо с Борисом Гутманом, сотрудником Университета Южной Калифорнии. Подробнее о семинаре. 

16 октября 2017: Открытые проблемы в сегментации медицинских изображений

Михаил Беляев, заведующий сектором "Анализ данных в нейронауках" ИППИ РАН, расскажет об открытых проблемах в сегментации медицинских изображений. Студенты Физтеха Владимир Кондратенко и Александр Денисенко, выполняющие дипломные работы под руководством Михаила, сделают обзор статей с воркшопа "Large-scale Annotation of Biomedical data end Expert Label Synthesis" конференции MICCAI. Подробнее о семинаре.

25 сентября 2017: Машинное обучение в нейровизуализации и генетике

На семинаре выступил Борис Гутман, сотрудник Imaging Genetics Center Университета Южной Калифорнии. Борис рассказал про интересные ему задачи в нейроимаджинге и генетике, в которых могут быть полезны методы машинного обучения. Подробнее о семинаре. 

6 сентября 2017: Готовимся к докладам на ИТиС-2017

На семинаре мы готовились к представлению результатов на ежегодной конференции ИППИ РАН "Информационные технологии и системы": у участников семинара принято пять работ для устных докладов и шесть работ для постерных докладов. Подробнее о семинаре. 

30 августа 2017: Готовимся к докладам на MICCAI

На семинаре обсуждался доклад Анвара Курмукова «Classifying phenotypes based on the community structure of human brain networks», который будет представлен  на тематическом воркшопе профильной конференции Medical Image Computing and Computer Assisted Interventions (10 –14 сентября 2017, Квебек, Канада). Подробнее о семинаре.

9 августа 2017: Рабочий семинар: итоги учебного года и планы на следующий год

Итогом очередного учебного года традиционно стало оформление всех завершенных проектов для представления на ежегодной школе-конференции ИППИ РАН "Информационные технологии и системы": всего подано 11 работ от участников нашего семинара, в том числе от студентов НУГ Аягоз Мусабаевой, Марины Ананьевой, Маргариты Буровой, Анвара Курмукова и Амира Сафиуллина. На очередном семинаре мы обсудили планы на следующий учебный год. Подробнее о семинаре.

19 июля 2017: Готовим работы для 41-й школы-конференции "Информационные технологии и системы"

На прошедшем семинаре краткие доклады делали студенты, готовящие работы для 41-й конференции "Информационные технологии и системы". Свои проекты представили студенты НУГ Аягоз Мусабаева, Марина Ананьева и Маргарита Бурова. Подробнее о семинаре.

26 июня 2017: Предсказание суицидов при болезни Гентингтона, аугментация данных нейровизуализации и ординальная регрессия в архитектурах глубокого обучения

На семинаре выступили студенты Физтеха Артем Борзов, Максим Писов и Антон Василюк, которым в ближайшие дни предстоит защищать выпускные квалификационные работы в бакалавриате по темам, близким к тематике НУГ. Подробнее о семинаре.

14 июня 2017: Контесты

Подробнее о семинаре.

2 июня 2017: Александр Иванов, Анвар Курмуков и Амир Сафиуллин представили свои дипломные работы

В рамках семинара НУГ прошло обсуждение выпускных квалификационных работ студентов НУГ - выпускников магистратуры этого года Александра Иванова, Анвара Курмукова и Амира Сафиуллина, выполненных в рамках деятельности научно-учебной группы “Машинное обучение на данных нейроимаджинга”. Подробнее о семинаре.

15 мая 2017: ISBI recap - итоги конференции, прошедшей в Мельбурне

Выпускник НУГ-2016 Дмитрий Петров и студент НУГ Амир Сафиуллин сделали обзор работ, представленных на International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI). Подробнее о семинаре.

26 апреля 2017: Предварительная обработка данных функциональных МРТ покоя, необходимые этапы коррекции и методы их реализации

  Подробнее о семинаре.

19 апреля 2017: Анализ данных функциональных МРТ покоя

.  Подробнее о семинаре.

12 апреля 2017: Residual and Plain Convolutional Neural Networks for 3D Brain MRI Classification

На очередном семинаре Амир Сафиуллин представил доклад, подготовленный для выступления на профильной тематической конференции IEEE International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI). Подробнее о семинаре.

5 апреля 2017: Методы нейровизуализации в психиатрии

Состоялся семинар, посвященный докладам, которые были представлены на первой Всероссийской конференции «Методы нейровизуализации в психиатрии». Подробнее о семинаре.

15 марта 2017: Организационный семинар - итоги подготовки к MICCAI и ближайшие планы

Семинар носил организационный характер. Студенты обсудили полученный опыт подготовки научных статей и их отправки на крупные международные конференции. Были сформулированы основные рекомендации на будущее. Подробнее о семинаре. 

22 февраля 2017: Сообщества сетей головного мозга, Риманова метрика на коннектомах и анализ воспроизводимости структур мозга: подготовка к конференции MICCAI

Семинар состоялся в рамках подготовки к подаче работ на крупнейшую тематическую конференцию Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention 2017 (MICCAI-2017), которая состоится в сентябре в Квебеке, Канада. Слушались доклады студентов НУГ и сотрудников 10.3, планирующих подавать работы на конференцию. Подробнее о семинаре. 

15 февраля 2017: Актуальные задачи анализа и моделирования на данных Enroll-HD

Состоялся совместный семинар участников НУГ и сотрудников сектора 10.3 ИППИ РАН с Бернхардом Ландвермайером, председателем исполнительного комитета международного междисциплинарного проекта Enroll-HD по изучению болезни Гентингтона. Подробнее о семинаре.   

8 февраля 2017: Обзор методов классификации, использующих информацию об упорядоченности классов, и возможностей их применения в архитектурах глубоких нейронных сетей

На семинаре проанализированы работы, в которых классификация с использованием метода глубокого обучения осуществлялась с учетом того, что целевые классы являются упорядоченными - например, представляют собой стадии нейродегенеративного заболевания. Подробнее о семинаре.   

Семинары 2016 года:

14 декабря 2016: Актуальные задачи коннектомики

Состоялась встреча участников НУГ и сотрудников сектора 10.3 ИППИ РАН с Борисом Гутманом, сотрудником Imaging Genetics Center Университета Южной Калифорнии. Подробнее о семинаре.

28 ноября 2016: Использование генеративных моделей графов для улучшения качества классификации сетевых структур мозга

С докладом выступили Аягоз Мусабаева, Анвар Курмуков и Юлия Додонова. Обсуждалось, каким образом генеративные модели графов могут быть полезны для решения задачи классификации коннектомов. Подробнее о семинаре.

 Генеративные_модели (PDF, 203 Кб) 

21 ноября 2016: Задачи глубокого обучения на трехмерных снимках головного мозга

Сергей Королев и Амир Сафиуллин обсуждали задачу классификации трёхмерных снимков МРТ. Михаил Беляев говорил о методах предобработки стуктурных МРТ и использовании элементов этих методов для задач аугментации и сегментации Подробнее о семинаре.

14 ноября 2016: Методы классификации графов коннектомов на основе различий в разбиениях графов

Анвар Курмуков рассматривал метод классификации графов коннектомов, построеных по МРТ снимкам головного мозга человека. Метод основан на независимом разделении каждого графа на набор непересекающихся подграфов и сравнении полученных разбиений для разных людей. Были показаны способы  построения подграфов с помощью трех методов кластеризации вершин, и их влияние на качество итоговой задачи классификации. Подробнее о семинаре.

 Классификация_на_основе_разбиений_графов (PDF, 1.12 Мб) 

7 ноября 2016: Методы глубокого обучения для анализа данных нейровизуализации: задачи и подходы

В докладе был дан обзор последних работ по использованию методов глубокого обучения в анализе МРТ головного мозга человека. Докладывал руководитель сектора 10.3 ИППИ РАН Михаил Беляев. Подробнее о семинаре. 

12 октября 2016: Локальные метрики на стохастических матрицах коннектомов

С докладом выступил Александр Иванов. Он рассказал о подходе к построению признаков на графах, в рамках которого используются метрики на стохастических матрицах. Подробнее о семинаре.

 Признаки_на_стохастических_матрицах (PDF, 161 Кб) 

21 сентября 2016: Современные работы в области машинного обучения и обработки сигнала

На семинаре выступили Анна Ткачев и Егор Кривов с обзором работ, представленных на IEEE International Workshop on Machine Learning for Signal Processing, который проходил с 13 по 16 сентября в г.Салерно (Италия). Подробнее о семинаре.

 Обзор_MLSP_2016 (PDF, 75 Кб) 

14 сентября 2016: Рабочий семинар научно-учебной группы

Состоялся рабочий семинар группы, на котором мы коротко обсудили текущее состояние основных проектов. Подробнее о семинаре.

22 июля 2016: Глубокое обучение на данных нейровизуализации

Сергей Королев представил обзор работ, реализующих глубокое обучение (deep learning) на данных нейроимаджинга, в первую очередь на структурных МРТ. Подробнее о семинаре.

 Глубокое обучение на данных нейровизуализации (PDF, 711 Кб) 

15 июля 2016: Распознавание образов на данных нейровизуализации

На семинаре выступил Дмитрий Петров с обзором работ, представленных на IEEE 6th International Workshop on Pattern Recognition in Neuroimaging, который проходил с 22 по 24 июня в г.Тренто (Италия). Дмитрий обобщил ключевые направления исследований, представленных на воркшопе, и детальнее остановился на темах, пересекающихся с тематикой НУГ. Подробнее о семинаре.

 Обзор PRNI 2016 (PDF, 267 Кб) 

9 июня 2016: Дипломные работы по тематике научно-учебной группы

В рамках семинара НУГ прошло обсуждение выпускных квалификационных работ студентов НУГ - выпускников магистратуры этого года Дмитрия Петрова и Юлии Додоновой, выполненных в рамках деятельности научно-учебной группы “Машинное обучение на данных нейроимаджинга”. Подробнее о семинаре.

 Классификация на основе спектральных признаков (PDF, 1.24 Мб) 

 Построение_признаков_и_снижение_размерности (PDF, 1.21 Мб) 

25 апреля 2016: Применение двухуровневых моделей при классификации коннектомов

На семинаре выступил Амир Сафиуллин. Он рассказал о своем опыте применения двухуровневых моделей к наборам по-разному отнормированных коннектомов при решении задачи классификации аутизма и нормы. Подробнее о семинаре.

 Двухуровневые модели для классификации коннектомов (PDF, 370 Кб) 

20 апреля 2016: Болезнь Гентингтона как модельное заболевание в нейронауках

На семинаре выступил  Юрий Селиверстов,  кандидат медицинских наук, научный сотрудник Научного центра неврологии. Была представлена информация о болезни Гентингтона, истории открытия, причинах развития, проявлениях и современных подходах к лечению.  Подробнее о семинаре.

30 марта 2016: Различия Python 2 и Python 3 (технический семинар)

Мы обсудили основные различия Python 2 и Python 3. Особое внимание уделили вопросу написания кода, совместимого как с Python 2, так и с Python 3. Проговорили основные особенности, которые могут сделать код несовместимым с более поздней или, наоборот, более ранней версией Python.  Докладывал сотрудник сектора 10.3 "Анализ данных в нейронауках" ИППИ РАН Егор Кривов.  Подробнее о семинаре.

21 марта 2016: Применение нейровизуализационных методов в фундаментальных и прикладных исследованиях

На семинаре выступил Юрий Селиверстов, кандидат медицинских наук, научный сотрудник Научного центра неврологии (НЦН). Юрий рассказал о структуре центра, решаемых задачах и имеющемся в распоряжении центра оборудовании визуализации головного мозга.  Подробнее о семинаре.

29 февраля 2016: Машинное обучение на данных масс спектрометрии

Сергей Королев разобрал две статьи по анализу масс спектров.Были разобраны возможные приложения методов из этих статей к задаче классификации на данных масс спектрометрии липидов мозга.   Подробнее о семинаре.

 Анализ на данных масс спектрометрии (PDF, 121 Кб) 

24 февраля 2016: Обнаружение динамических функциональных взаимосвязей по МЭГ-сигналу

Алексей Осадчий, профессор НИУ ВШЭ, рассказал об инвариантном к фазовому углу и объёмной проводимости обнаружении динамических функциональных взаимосвязей по магнитоэнцефалографическим измерениям.   Подробнее о семинаре. 

15 февраля 2016: Применение геометрии Римана к анализу ковариационных матриц сигнала

На семинаре было показано, как применение геометрии Римана помогает при классификации данных электроэнцефалографии (ЭЭГ). Докладывал Егор Кривов, сотрудник сектора Анализа данных в нейронауках №10.3 ИППИ РАН.  Подробнее о семинаре. 

8 февраля 2016: Спектральная теория графов

На семинаре обсуждались спектры матриц, связанных с графом, проблема коспектральных графов, восстановления графов по их спектрам, спектральных расстояний между графами. Докладывали Анна Ткачев и Юлия Додонова. Подробнее о семинаре.    

 Семинар о спектральной теории графов (PDF, 1018 Кб) 

3 февраля 2016: Совмещение поверхностей мозга с учетом структурных коннектомов

На семинаре группы выступил Дмитрий Исаев, research assistant Лаборатории нейроимаджинга Университета Южной Калифорнии. Дмитрий рассказал о текущем исследовательском проекте по улучшению совмещения поверхностей мозга с использованием коннектомных данных, то есть информации о структуре связей между участками коры. Подробнее о семинаре.   

29 января 2016: Технический семинар о работе с репозиторием группы

Мы представили закрытый Github репозиторий группы и показали интересующимся, как пользоваться системой контроля версий Git. Кроме того, мы представили вводный IPython notebook, созданный для тех членов НУГ, которые ранее не занимались машинным обучением на данных нейроимаджинга. Подробнее о семинаре.  

28 января 2016: Алгоритмы трактографии и построение структурных коннектомов

Мы обсудили исследования по сравнению алгоритмов трактографии, проводимые в Университете Южной Калифорнии под руководством Пола Томпсона. Докладывали Дмитрий Петров и Юлия Додонова. Подробнее о семинаре.

 Алгоритмы трактографии и построение коннектомов (PDF, 2.44 Мб)