О лаборатории

Благодаря революции в высоко-поточных технологиях секвенирования биоинформатика стала наукой о больших данных геномики. Поэтому открытие лаборатории биоинформатики на факультете компьютерных наук неслучайно. К большим данным молекулярной биологии применяются общие алгоритмы и методы наук о данных, среди которых методы машинного обучения демонстрируют хорошую эффективность.

Основными направлениями образовательной и научной деятельности лаборатории являются фундаментальные исследования роли вторичных структур ДНК в функционировании генома, организации хроматина и изучение ДНК-белковых взаимодействий. Лаборатории занимается расшифровкой «кода вторичных структур ДНК», который, наряду с кодом первичной аннотации генома элементами последовательности (генами, экзонами, интронами, регуляторными мотивами и др.) и эпигенетическим кодом, представляет собой еще один слой аннотации генома.

В лаборатории также ведутся исследования пространственной структуры хроматина, ее изменений при различных экспериментальных воздействиях и ее связи с эпигенетичеким кодом и кодом вторичных структур ДНК. В частности, стоят задачи сопоставления различных методов выделения топологически ассоциированных доменов (ТАДов) и применения методов глубинного обучения к задаче поиска характерных геномных функциональных элементов на границах ТАДов.

Отдельное направление посвящено определению физико-химических свойств ДНК-структур, участвующих в белковых взаимодействиях. В лаборатории разрабатывается база данных NPIDB – ресурс открытого доступа для изучения ДНК-белковых взаимодействий, предоставляющий большую коллекцию ДНК-белковых комплексов. Ресурс извлекает и анализирует информацию из других общедоступных известных баз данных биоинформатики PDB, SCOP, Pfam. Ведутся разработки по классификации ДНК-белковых комплексов и решению проблемы отнесения новых структур к имеющимся структурным семействам.

Проходя стажировку в лаборатории, студенты смогут погрузиться в активную научную деятельность на ранних стадиях обучения. Лаборатория сотрудничает с ведущими лабораториями биоинформатики мирового уровня.