Семинары 2024

17.01.2024 [online] Сравнение методов обнаружения гуаниновых квадруплексов

Zoom

Докладчик: Коновалов Дмитрий, стажер-исследователь

В докладе было представлено сравнение эффективности основных экспериментальных и теоретических методов обнаружения квадруплексов. Описаны их сходства, различия, основные преимущества и недостатки.

21.02.2024 [online] Анализ дифференциальной экспрессии в различных образцах

Zoom

Докладчик: Войтецкий Артем, стажер-исследователь

В докладе был представлен анализ дифференциальной экспрессии в различных образцах. Отдельно сравнивались образцы RNA и small RNA. В ходе анализа исследовалась зависимость дифференцилаьной экспрессии генов в зависимости от наличия или отсутствия генов ADAR и PRKRA. Таким образом планируется узнать, как на что влияют эти два гена. Дополнительно исследовалось влияние интерферона на образцы.

20.03.2024 [online] Анализ данных snRNA-seq рака груди: от первичной опухоли к метастазам

Zoom

Докладчик: Михайлова Анастасия, стажер-исследователь

Технология секвенирования отдельных клеток (scRNA-seq) является важным инструментом для исследования гетерогенности клеток. Данный метод обеспечивает возможность анализа уникальных профилей экспрессии генов и других внутриклеточных параметров, что, в свою очередь, позволяет изучать внутриклеточные процессы, такие как гетерогенность опухолей и их взаимодействие с окружающими тканями.

17.04.2024 [online] Эксперименты по предсказанию Z-DNA моделями машинного обучения обученными

Zoom

Докладчик: Бекназаров Назар, стажер-исследователь

Актуальным стало изучение и предсказание участков Z-DNA в различных организмах. В докладе представлены эксперименты по предсказанию Z-DNA моделями машинного обучения обученными на экспериментальной разметке и анализ полученных предсказаний с последующим сравнением выводов полученных на разных организмах.

15.05.2024 [online] Создание объединенного трека для предсказания Z-флипонов

Zoom

Докладчик: Бекназаров Назар, стажер-исследователь

Для выполнения данной задачи были рассмотрены подходы разработанные для других задач, таких как предсказания квадруплексов. На саминаре были рассмотрены подходы которые могут быть успешны в этой задаче, полученные результаты были апробированы на текущих экспериментальных данных и были выбраны лучшие варианты. Полученные результаты будут опубликованы.

29.05.2024 [online] Регуляция путей клеточной гибели в раковых образцах посредством ADAR и PRKRA

Zoom

Докладчик: Войтецкий Артем, стажер-исследователь

В данном исследовательском проекте мы поставили цель изучить влияние нокаута генов ADAR и PRKRA, а также воздействие интерферона на транскриптом. Эти гены играют важную роль в регуляции РНК и реакции на интерферон, что делает их перспективными мишенями для терапевтических вмешательств. Было обнаружено, что ADAR оказывает значительное влияние на редактирование РНК, а нокаут ADAR и PRKRA приводит к изменениям в экспрессии связанных с ними генов. Особенно тесная связь была выявлена между результатами исследования и раком легких.

03.06.2024 [online] Исследование сигнальных путей подавления иммунного ответа

Zoom

Докладчик: Михайлова Анастасия, стажер-исследователь

В исследовании был проведен систематический анализ профилей одиночных клеток первичных опухолей рака молочной железы и их метастазов в костный мозг. Были выявлены ключевые паттерны взаимодействия между опухолевыми клетками и их микроокружением. Особое внимание было уделено сигнальным путям MIF и MDK, которые играют важную роль в процессе метастазирования, модулируя иммунный ответ и способствуя росту и выживанию раковых клеток. Эти результаты указывают на перспективность данных сигнальных путей в качестве мишеней для терапевтического воздействия при метастатическом раке молочной железы.

24.06.2024 [online] Квадруплексы в промотор-энхансерном взаимодействии

Zoom

Докладчик: Коновалов Дмитрий, стажер-исследователь

В докладе было представлено описание модели взаимодействия квадруплексов внутри пары промотор-энхансер. Модель предполагает стекинг квадруплексов для стабилизации промотор-энхансерной петли. Были приведены результаты проверки модели, представлены итоги статистического анализа экспериментальных данных колокализации квадруплексов.

02.07.2024 [online] Неканонические квадруплексы

Zoom

Докладчик: Коновалов Дмитрий, стажер-исследователь

Ранее считалось, что квадруплексы соответствуют паттерну из четырех гуаниновых повторов, разделенных короткими (1-7 по) петлями. Все больше экспериментальных данных говорит о существовании квадруплексов отклоняющихся от этого паттерна: квадруплексов с выпетливаниями и несовпадениями. В докладе были представлены последовательности и паттерны неканонических квадруплексов, наблюдаемых экспериментально.

28.08.2024 [онлайн] Механизмы иммуносупрессии, опосредованные хемокинами, в опухолевом микроокружении

Zoom

Докладчик: Михайлова Анастасия, стажер-исследователь

В докладе были представлены результаты исследования иммуносупрессивных хемокинов, таких как MIF, CCL2 и CCL3, и их роли в создании благоприятной для опухоли микросреды. Анализ образцов первичной опухоли молочной железы и метастазов в костном мозге показал, что эти хемокины активно участвуют в подавлении противоопухолевого иммунного ответа. Они способствуют поляризации макрофагов в провоспалительный фенотип, поддерживающий рост опухоли, а также ингибируют активацию и пролиферацию Т-клеток и других иммунных клеток. Таким образом, иммуносупрессивные хемокины создают благоприятную для опухоли среду, способствуя ее прогрессии и метастазированию.

11.09.2024 [онлайн] Оценка влияния главных регуляторных генов в различных тканях на ткане-специфичные гены

Zoom

Докладчик: Башкатов Артем, эксперт.

В докладе были представлены результаты анализа по оценке пересечений разметки транскрипционных факторов главных регуляторных генов (MRGs) и ткане-специфичных генов, которые были выделены после получения полногенномных предсказаний моделью DeepG4. По результатам был представлен блок графиков сравнения полученных данных о пересечении MRGs с распределениями случайных попаданий соответствующих генов в нервной ткани, печени и мышечной ткани. Были выявлены несколько генов, которые показали статистически значимое обогащение (MYOD1, HNF1A, HNF1B) и обеднение (NEUROD1) относительно случайной выборки. Данные результаты требуют дальнейшего изучения.

25.09.2024 [онлайн] Роль иммуностимулирующих хемокинов в противоопухолевом иммунитете

Zoom

Докладчик: Михайлова Анастасия, стажер-исследователь

В докладе были представлены результаты исследования роли иммуностимулирующих хемокинов, таких как CXCR9, CXCR10, CXCR11 и CXCL9, в активации противоопухолевого иммунного ответа. Иммуностимулирующие хемокины способствуют привлечению и активации различных иммунных клеток, таких как Т-клетки, NK-клетки и дендритные клетки, в опухолевую микросреду. Кроме того, они могут стимулировать пролиферацию и дифференцировку этих клеток, усиливая противоопухолевый иммунный ответ. Особое внимание было уделено CXCL9, экспрессия которого при агрессивной форме рака молочной железы значительно улучшает прогноз заболевания.

02.10.2024 [online] Распределение неканонических квадруплексов в геноме

Zoom

Докладчик: Коновалов Дмитрий, стажер-исследователь

В докладе было рассмотрено распределение квадруплексов в геноме. Речь шла как о канонических так и неканонических квадруплексах, также обсуждалась связь квадруплексов с транспозонами и проблемы связанные с экспериментальной валидацией образования квадруплексов в повторах с помощью высокопроизводительных методов, основанных на секвенировании.

23.10.2024 [online] Анализ пересечения генов с изменением экспрессии в образцах c нокаутом ADAR и PRKRA

Zoom

Докладчик: Войтецкий Артем, стажер-исследователь

В докладе был представлен анализ изменений экспрессии генов при нокауте генов ADAR и PRKRA. Исследование показало, что значительное количество генов существенно меняет уровень экспрессии при нокауте этих генов. Была составлена таблица пересечений значимо измененных генов между различными экспериментальными условиями.
Анализ выявил, что гены, изменившие экспрессию при нокауте одного из исследуемых генов, часто также меняют экспрессию при нокауте другого гена. При этом случаи противоположного изменения экспрессии оказались крайне редкими. Наибольшее совпадение (около 60%) наблюдалось между условиями Mock и IFN, что объясняется нокаутом одного и того же гена. Также было отмечено 20-40% совпадений в изменении экспрессии генов между нокаутами ADAR и PRKRA.
Результаты показали, что нокаут одного гена приводит к снижению уровня экспрессии множества других генов, причем нокаут другого гена часто вызывает аналогичный эффект. Это наблюдение подтверждает гипотезу о том, что гены ADAR и PRKRA участвуют в одном механизме иммунного ответа. Интересно отметить, что среди генов с пониженной экспрессией процент совпадений близок к 40%, в то время как среди генов с повышенной экспрессией он составляет чуть более 20%.

06.11.2024 [online] Анализ экспрессии генов при нокауте ADAR и PRKRA и последующей обработке интерфероном

Zoom

Докладчик: Войтецкий Артем, стажер-исследователь

В докладе было представлено сравнение уровней экспрессии генов между нокаут образцами, обработанными и необработанными интерфероном. Анализ показал обратную ситуацию по сравнению с предыдущими результатами: большинство значимо изменённых генов демонстрировали повышенный уровень экспрессии. Это наблюдение позволяет сделать вывод, что наиболее распространенным ответом на интерферон в условиях нокаута генов ADAR или PRKRA является повышение экспрессии других генов.
Объединяя результаты обоих исследований дифференциальной экспрессии, был сделан вывод о том, что нокаут генов ADAR и PRKRA приводит к подавлению экспрессии заметного количества генов, в то время как обработка интерфероном вызывает увеличение экспрессии.