Семинары 2022

12.01.2022 [online] Неканоничные транскрипты HSV-1

Zoom

Докладчик: Федоров Александр, младший научный сотрудник

Восемьдесят известных открытых рамок считывания (ORF) HSV-1 интенсивно изучались на протяжении десятилетий. Однако реальное число РНК, транскрибуемых с вирусного генома, гораздо выше и составляет несколько сотен. Некоторые из них кодируют ранее не описанные, но экспериментально подтвержденные белки. Другие же представляют из себя, вероятно, просто 5` удлиненные изоформы. Эти и многие другие факты о биологической роли неканоничных транскриптов HSV-1 будут подробно разобраны в ходе доклада.

09.02.2022 [online] Роль ICP27 в клетках, зараженных HSV-1

Zoom

Докладчик: Федоров Александр, младший научный сотрудник

Инфекция вирусами, включая HSV-1, вызывают масштабное нарушение терминации транскрипции (DOTT) в клетки хозяина. Однако основные механизмы данного процесса остаются загадкой. Как было показано экспериментально, ICP27, один из 80 белков HSV-1, способен индуцировать DOTT путем прямого связывания с факторами процессинга 3` конца некоторых РНК хозяина. В тоже время, ICP27 играет важную роль в корректной терминации транскрипции вирусных РНК. Эти и другие факты будут подробно описаны в ходе доклада.

16.03.2022 [online] Взаимодействие клеток опухоли и ее микроокружения: обнаружение пар лиганд-рецептор

Zoom

Докладчик: Осинцева Екатерина, студент магистратуры «Анализ данных в биологии и медицине»

Исследование гетерогенности опухолевого микроокружения и взаимодействия его клеток друг с другом и с опухолью может помочь раскрыть механизмы, с помощью которых опухоли удается избегать иммунного ответа. Понимание этих механизмов представляет собой ценность в первую очередь для разработки различных способов иммунотерапии.

С помощью пакета CellChat  для 8-ми scRNA-seq образцов метастазов в паренхиму головного мозга были найдены пары взаимодействий между различными типами клеток по принципу лиганд-рецептор. Первичный анализ показал во всех образцах наличие взаимодействий между клетками посредством лиганда MIF, в частности это взаимодействие наблюдалось между метастатическими клетками и клетками иммунной системы. Изучение литературы показало, что такие взаимодействия могут приводить к прогрессированию опухоли и иммуносупрессии.

16.04.2022 [online] Анализ активности путей клеточной гибели в популяциях клеток опухоли и ее микроокружения

Zoom

Докладчик: Осинцева Екатерина, студент магистратуры «Анализ данных в биологии и медицине»

На сегодняшний день под термином «микроокружение опухоли» понимают совокупность компонентов солидной опухоли, включая ее сосудистую сеть, ассоциированные с опухолью фибробласты, различные иммунные клетки и внеклеточный матрикс. Изучение путей клеточной гибели в контексте злокачественных новообразований важно по двум причинам: во-первых, активация программ клеточной смерти в опухолевых клетках может быть применена как методика терапии рака, во-вторых, "братоубийство"  различных популяций иммунных клеток может влиять на прогрессирование заболевания и избегание опухолью иммунного ответа.

В данном докладе будут освещены результаты анализа активности путей клеточной гибели в 8-ми scRNA-seq образцов метастазов в паренхиму головного мозга.

25.05.2022 [online] Роль флипонов и микроРНК в определении промоторов на ранних этапах развития

Zoom

Докладчик: Павлов Федор, аспирант

Существует несколько точек зрения на то, с помощью каких механизмов осуществляется регуляция генов. Результаты вычислительных экспериментов позволяют предположить, что в данных процессах присутствует глубокая связь между механизмами РНК и ДНК. В докладе представлены данные, подтверждающие модель, в которой флипоны открывают сайты связывания для микроРНК, что приводит к созданию бивалентных промоторов на ранних стадиях развития. Приводятся результаты вычислительных экспериментов, которые указывают на явное преобладание определенных групп флипонов как наиболее предпочтительных кандидатов для связывания с регионами консервативных микроРНК.

22.06.2022 [online] Предсказание участков zdna в геноме человека и мыши

Zoom

Докладчик: Бекназаров Назар, младший научный сотрудник

Роль zdna в клеточных процессах известна и с течением времени открывается все большее участие этой структуры ДНК в регуляции экспрессии, иммуном ответе и многих  других процессах. Поэтому актуальным стало изучение и предсказание участков zdna в различных организмах. В докладе представлены эксперименты по предсказанию zdna моделями машинного обучения обученными на экспериментальной разметке и анализ полученных предсказаний с последующим сравнением выводов полученных на разных организмах.

13.07.2022 [online] Ландшафт редактирования РНК при болезни Альцгеймера

Zoom

Докладчик: Коновалов Дмитрий,  стажер исследователь

Болезнь Альцгеймера - одно из самых распространенных нейродегенеративных заболеваний. Исследование редактирования РНК специфичного для данного заболевания может пролить свет на новые методы борьбы с ним. В докладе будут описаны имеющиеся на данный момент данные о редактировании РНК, база ADeditomе и возможная роль флипонов в регуляции нейродегенеративных процессов.

24.08.2022 [online] Сравнение качества различных методов доменной адаптации в задачах биоинформатики

Zoom

Докладчик: Латышев Павел, аспирант

Был представлен доклад о сравнительном исследовании 9 методов доменной адаптации: ADDA, AFN, CDAN, DAN, DANN, JAN, MCC, MCD, MDD. Данные методы были применены к различным гистоновым меткам и факторам транскрипции на геноме человека, мыши, нематоды, дрозофилы и дрожжей. Были показаны и проанализированы сравнительные таблицы с метриками качества на различных задачах.

21.09.2022 [online] LGP2 и его роль в регуляции IFN-ответа в клетках с инактивированным ADAR1

Zoom

Докладчик: Федоров Александр, младший научный сотрудник

Редактирование РНК аденозиндезаминазой ADAR1 предотвращает клеточный иммунный ответ на эндогенные РНК. В клетках с инактивированным ADAR1 неотредактированные собственные РНК образуют структуры с парами оснований, которые напоминают вирусные РНК и непреднамеренно активируют рецептор MDA5, что приводит к IFN-ответу I типа. Однако, MDA5 не единственный рецептор необходимый для индукции имунного ответа. Другим необходимым рецептором является LGP2.

12.10.2022 [online] Транскрипционный фактор Aire

Zoom

Докладчик: Павлов Федор, аспирант

Aire (autoimmune regulator) — это белок, который играет значимую роль в регуляторных процессах генома за счет активного вовлечения в процесс формирования толерантности иммунной системы. На сегодняшний день известно, что Aire отвечает за регуляцию тысяч генов, но при этом отсутствует понимание, за счет каких конкретно механизмов осуществляется эта регуляция. В докладе рассматривается анализ взаимодействия Aire и четырех наборов участков Z-DNA, которые были получены с помощью вычислительных и экспериментальных методов. Приводятся результаты bulk RNA-seq анализа Aire-KO данных, в результате которого выделяется таргетная группа генов в организме мыши, активируемых Aire.

16.11.2022 [online] Исследование метода доменной адаптации DANN для предсказания G-квадруплексов

Zoom

Докладчик: Латышев Павел, аспирант

В докладе было рассказано о применении доменной адаптации для переиспользования моделей машинного обучение, обученных на одних организмах на другие. Было исследовано качество адаптации на датасетах G4-ChIP-Seq и G4-Seq на ДНК человека и мыши.

14.12.2022 [online] Цис-регуляторные элементы и Z-флипоны

Zoom

Докладчик: Коновалов Дмитрий, стажер исследователь

Цис-регуляторные элементы - это участки нуклеиновых кислот, регулирующие экспрессию генов, находящихся на той же молекуле.Флипоны находящиеся в данных участках могут осуществлять регуляцию экспрессии генов, посредством изменения вторичной структуры ДНК. В данном докладе будут представлены результаты анализа локализации Z-флипонов и описаны основные методы проведения: определение координат цис-регуляторных элементов, исследование ассоциации признаков и определение генов и процессов, потенциально регулируемых данным механизмом.