VII Международная конференция «Математическая биология и биоинформатика» Пущино, 14-19 октября 2018

Сотрудники лаборатории Отабек Маткаримов и Денис Поливода выступили с устным докладом на международной конференции в Институте математических проблем биологии РАН, Пущино.

На VII Международной конференции «Математическая биология и биоинформатика», которая проходила в Институте математических проблем биологии РАН г. Пущино с 14 по 19 октября 2018 г. Стажёры-исследователи научно-учебной лаборатории биоинформатики Отабек Маткаримов и Денис Поливода  выступили с устным докладом "Поиск паттернов ассоциации между функциональными элементами генома".

Докладчики на конференции поднимали вопрос поиска паттернов и анализа геномных данных. На данный момент существующие программы поиска паттернов имеют существенные ограничения, большинство из которых реализованы для работы в системе Unix, графический интерфейс отсутствует, а сами программы сложны в использовании.

Для решения этой проблемы в рамках лаборатории начали разработку кроссплатформенной программы, с пользовательским графическим интерфейсом, запускаемую в браузере на любой операционной системе, которая принимает на вход два файла геномной аннотации в формате .bed, визуализирует распределение функциональных элементов в виде плотностей на уровне хромосомы и осуществляет поиск паттернов ассоциации между двумя исследуемыми геномными элементами.

Найденные паттерны визуализируются, и информация об их расположении выдается в виде списка. Данная программа предназначается для решения широкого класса биоиформатических задач поиска паттернов ассоциации между различными функциональными аннотациями генома.

Публикация:
Маткаримов О.О., Поливода Д.Э., Попцова М.С. "Поиск паттернов ассоциации между функциональными элементами генома". Доклады Международной конференции “Математическая биология и биоинформатика”. Под ред.  В.Д. Лахно. Том 7.  Пущино: ИМПБ  РАН, 2018. Статья No e51. doi:10.17537/icmbb18.82