Поиск паттернов ассоциации между функциональными элементами генома
На VII Международной конференции «Математическая биология и биоинформатика», которая проходила в Институте математических проблем биологии РАН г. Пущино с 14 по 19 октября 2018 г. сотрудники Научно-учебной лаборатории биоинформатики (Попцова М.С., Маткаримов О.О., Поливода Д.Э.) выступили с темой "Поиск паттернов ассоциации между функциональными элементами генома".
Докладчики на конференции поднимали вопрос поиска паттернов и анализа геномных данных. На данный момент существующие программы поиска паттернов имеют существенные ограничения, большинство из которых реализованы для работы в системе Unix, графический интерфейс отсутствует, а сами программы сложны в использовании.
Для решения этой проблемы в рамках лаборатории начали разработку кроссплатформенной программы, с пользовательским графическим интерфейсом, запускаемую в браузере на любой операционной системе, которая принимает на вход два файла геномной аннотации в формате .bed, визуализирует распределение функциональных элементов в виде плотностей на уровне хромосомы и осуществляет поиск паттернов ассоциации между двумя исследуемыми геномными элементами.
Найденные паттерны визуализируются, и информация об их расположении выдается в виде списка. Данная программа предназначается для решения широкого класса биоиформатических задач поиска паттернов ассоциации между различными функциональными аннотациями генома.
Нашли опечатку?
Выделите её, нажмите Ctrl+Enter и отправьте нам уведомление. Спасибо за участие!
Сервис предназначен только для отправки сообщений об орфографических и пунктуационных ошибках.