• A
  • A
  • A
  • АБВ
  • АБВ
  • АБВ
  • А
  • А
  • А
  • А
  • А
Обычная версия сайта

Семинары 2021/2022

22.09.2021 [online] Анализ редактирования РНК: краткий обзор

Zoom

Докладчик: Федоров Александр, младший научный сотрудник

Редактирование РНК - это один из способов посттранскрипционной регуляции экспрессии генов, важный механизм клеточного иммунитета в эукариотических клетках. В докладе будут описаны основные “редакторы” РНК в клетках мыши и человека, белки семейств ADAR и APOBEC, текущее представление о роли A-I редактирования в регуляции иммунного ответа. Дано подробное описание существующих вычислительных подходов к анализу редактирования на уровне отдельных локусов, регионов, всего генома. Описаны их основные преимущества, ограничения, приведены типичные варианты применения.

13.10.2021 [online] Образование Z-РНК в ответ на вирусную инфекцию

Zoom

Докладчик: Коновалов Дмитрий, стажер-исследователь

Каждый человек на протяжении своей жизни сталкивается с вирусами гриппа и герпеса. Было показано, что реплицирующийся вирус генерирует Z-РНК, которые активируют ZBP1 в ядрах инфицированных клеток, что в конечном итоге вызывает клеточную смерть. Исследование механизмов ответа на инфекцию может помочь в борьбе с этими заболеваниями. В данной работе представлен анализ экспрессии генов, образующих Z-РНК через 8 и 12 часов после инфекции эмбриональных фибробластов мыши вирусом гриппа типа А и вирусом герпеса первого типа.

27.10.2021 [online] Кластеризация и описание IFNb-регулируемых генов

Zoom

Докладчик: Федоров Александр, младший научный сотрудник

Интерфероны (IFN) - это ряд сигнальных белков со схожими свойствами, синтезируемых клеткой при распознавании Damage Associated Molecular Patterns (DAMPs) и/или Pathogen Associated Molecular Patterns (PAMPs). Согласно классическому представлению, данные белки необходимы для стимуляции клеточного иммунитета, например, экспрессии белков, препятствующих репликации вирусов. Данный взгляд, однако, не совсем корректен для IFN бета (IFNb), что мы смогли показать используя публичные Total RNA-seq эксперименты для IFNb-стимулированных мышиных фибробластов. Конкретно, после 48 часов стимуляции почти половина всей мРНК в клетке не относится к известным генам иммунной системы, а принадлежит к конкретным факторам трансляции или рибосомальным белкам. Только часть из данных факторов была ранее ассоциирована со стрессовым состоянием клетки или иммунным ответом.

03.11.2021 [online] Поиск консервативных вторичных структур в вирусах семейства Coronaviridae

Zoom

Докладчик: Шеин Александр, младший научный сотрудник

Вирусы семейства Coronaviridae являются обширным семейством РНК-содержащих вирусов, инфицирующих значительное число видов позвоночных, включая птиц, рептилий и млекопитающих. В свете событий последних двух лет, исследование данного семейства вирусов, и, SARS COV2 в частности, является очень актуальной задачей. Одним из перспективных направлений исследований является поиск консервативных вторичных структур в геномных последовательностях вирусов, предположительно влияющих на такие процессы, как репликация и заражение клеток хозяина. В данной работе представлен анализ вторичных структур РНК у 39 различных видов коронавирусов. В ходе работы были обнаружены консервативные структуры стебель-петля нескольких геномных локациях: в кодирующих областях ORF1a и b, Surface Glycoprotein и области ORF7. Дальнейший анализ найденных структур, в частности, в белке S может позволить лучше понять жизненный цикл вируса и механизмы его взаимодействия с клеткой-хозяином.

17.11.2021 [online] Методы глубинного обучения для предсказания G-квадруплексов с использованием омиксных данных

Zoom

Докладчик: Латышев Павел, стажер-исследователь

В настоящее время не существует вычислительных методов, способных предсказывать с высоким качеством образование устойчивых G-квадруплексов на хроматине. В данном докладе предлагается метод предсказания формирования G-квадруплексов с использованием нейронной LSTM-сети. Также будет рассмотрено использование омиксных данных из ChIP-Atlas для предсказания данных структур, что дало увеличение качества распознавания. Кроме того, будет предложен метод поиска значимых эпигенетических признаков, связанных с образованием G-квадруплексов.  

24.11.2021 [online] Методы интерпретации при помощи omics-данных в задачах предсказания Z-ДНК

Zoom

Докладчик: Бекназаров Назар, младший научный сотрудник

Проблема предсказания Z-DNA была неразрешенной долгое время. Было понимание что использование только последовательности ДНК не достаточно чтобы решить эту проблему. DeepZ решает проблему предсказания Z-DNA используя методы машинного обучения и дополнительные омиксные данные. Данный подход не только решил задачу предсказания Z-DNA, но и открывает широкие перспективы для дальнейшего применения ранее не решенных задач  

08.12.2021 [online] Метод доменной адаптации для получения аннотации G-квадруплексами генома мыши

Zoom

Докладчик: Латышев Павел, стажер-исследователь

Аннотация генома устойчивыми G-квадруплексами, которые располагаются на хроматине клетки, полученная в результате метода G4-ChIP-Seq есть только для человеческого генома. В данном докладе будет представлен метод аннотации генома мыши G-квадруплексами с использованием метода DANN (Domain-Adversarial Training of Neural Networks) из класса unsupervised domain adaptation. Было проведено сравнение наивного применения модели, обученной на данных человека, на геноме мыши и модели, полученной с использованием DANN, в результате число ложноположительных срабатываний снизилось с 61% до 49%.


 

Нашли опечатку?
Выделите её, нажмите Ctrl+Enter и отправьте нам уведомление. Спасибо за участие!
Сервис предназначен только для отправки сообщений об орфографических и пунктуационных ошибках.