• A
  • A
  • A
  • АБВ
  • АБВ
  • АБВ
  • А
  • А
  • А
  • А
  • А
Обычная версия сайта

Международная лаборатория биоинформатики

Предзащита кандидатской диссертации Назара Бекназарова

19 декабря 2024 г. (в четверг) в 11:00 на семинаре международной лаборатории биоинформатики федерального государственного автономного образовательного учреждения высшего образования «Национальный исследовательский университет «Высшая Школа Экономики» состоится предварительное обсуждение (предзащита) кандидатской диссертации Бекназарова Назара Сохибжоновича на тему: «Методы глубинного обучения для предсказания Z-ДНК на основе омиксных данных».

Направление: 09.06.01 Информатика и вычислительная техника

Научный руководитель: к.ф.-м.н., Попцова Мария Сергеевна, доцент департамента больших данных и информационного поиска факультет компьютерных наук и заведующая международной лаборатории биоинформатики института искусственного интеллекта и цифровых наук факультет компьютерных наук.

Рецензенты:

1. к.ф.-м.н. Раменский Василий Евгеньевич, ведущий научный сотрудник федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный медицинский исследователь-ский центр терапии и профилактической медицины" Минздрава Российской федерации

2. д.ф.-м.н. Первушин Дмитрий Давидович, профессор Сколковского института науки и технологий

Предзащита состоится онлайн.

Лаборатория создана в 2018 году для развития направления биоинформатики на факультете компьютерных наук. Международная лаборатория биоинформатики активно занимается разработкой и применением самых современных методов машинного обучения и искусственного интеллекта для анализа омиксных данных молекулярной биологии.

Основными направлениями научной деятельности лаборатории являются:

1. Фундаментальные исследования роли вторичных структур ДНК, их взаимосвязь с эпигенетическим кодом. Практическое применение исследований направлено на разработку лекарств, управляющих работой флипонов – вторичных структур ДНК, регулирующих работу генома. В частности было предложено потенциальное лекарство против рака, регулирующее работу генома посредством включения одного из флипонов – Z-ДНК. 

2.  Разработка пайплайн анализа геномных данных секвенирования, генетических панелей. Полный анализ от варианта к фенотипу. С 2019 года лаборатория взаимодействует с медицинскими учреждениями и фармкомпаниями по данному направлению деятельности.

3. Машинное обучение в биоинформатике. Работа по данному направлению осуществляется с 2018 года. Международная лаборатория биоинформатики сотрудничает с крупными индустриальными партнерами.

4. Генетические исследования в области кардиогенетики, сфокусированные на создание каталога мутаций пациентов с сердечно-сосудистыми заболеваниями. В 2020 году создан Консорциум «Генетика Сердечно-Сосудистых Заболеваний».

5. Создание систем ИИ в биоинформатике. Создание систем ИИ для прогнозирования диагностики и течения заболеваний на основе клинических данных пациентов. С 2020 года в рамках данного направления деятельности лаборатории сделаны первые системы для прогнозирования побочных эффектов антикоагулянтов, антидепрессантов и антипсихотиков. Данное направление находит применение в фармкомпаниях.

Результаты научно-исследовательской работы лаборатории публикуются в российских и зарубежных журналах. Регулярно проводятся различные научные и образовательные мероприятия по тематике исследований, такие как научные семинары по методам машинного обучения в биоинформатике, летние и зимние школы по биоинформатике, круглые столы, конференции и ежегодный междисциплинарный форум Консорциума «Генетика Сердечно-Сосудистых Заболеваний». Международная лаборатория биоинформатики ведет активное сотрудничество с ведущими лабораториями мирового уровня. 

Новости

Исследователи из НИУ ВШЭ разработали модель машинного обучения, которая предсказывает риск развития осложнений у пациентов, перенесших инфаркт миокарда. В модели впервые учли генетические данные, что позволило точнее оценить риск долгосрочных осложнений. Исследование опубликовано в журнале Frontiers in Medicine.
7 ноября
В конце августа 2024 года были подведены итоги рассмотрения первых проектов по коммерциализации в рамках реализации соответствующей меры поддержки. С сентября 2024 года два проекта факультета компьютерных наук НИУ ВШЭ — «КардиоЖизнь» и «Меланж» — получили возможность развивать свои продукты и услуги для целей коммерциализации на открытом рынке с помощью финансовой поддержки.
3 октября
5–6 сентября прошел ежегодный междисциплинарный форум «Кардиогенетика и биоинформатика: реалии 2024». Он был посвящен проекту «Технологии машинного обучения в прогнозировании исходов острого коронарного синдрома», который реализуется в рамках зеркальной лаборатории.
25 сентября
С 19 по 29 августа Центр непрерывного образования факультета компьютерных наук НИУ ВШЭ совместно с Институтом аналитического приборостроения РАН, Институтом спектроскопии РАН и компанией «Синтол» провел летнюю школу «Кардиогенетика: от секвенирования к разработке кардиопанели». Школа проводилась в рамках Федеральной научно-технической программы развития генетических технологий на 2019–2027 годы (проект 15.ИП.21.0004).
18 сентября
Факультет компьютерных наук НИУ ВШЭ провел ежегодную летнюю школу по машинному обучению в биоинформатике, слушателями которой стали более 300 человек из разных университетов, институтов и организаций. Всего на событие зарегистрировались более 800 человек. Трехдневная программа включала в себя лекции и семинары.
17 сентября
По приглашению Чукотского филиала в Анадырь Мария Попцова, заведующая Международной лабораторией биоинформатики Института искусственного интеллекта и цифровых наук факультета компьютерных наук Национального исследовательского университета «Высшая школа экономики» г. Москва посетила г. Анадырь

14 июня
Российские и итальянские ученые запустили совместный проект по изучению функционирования генов в отдельных клетках глиомы, одной из форм рака мозга, а также микросреды, порождаемой этой опухолью.
24 мая
В Высшей школе экономики прошла международная мини-конференция «Поиск новых путей развития российско-итальянского взаимодействия в сфере биомедицины». В ее работе приняли участие ученые из двух стран, а также ректор НИУ ВШЭ Никита Анисимов.
22 мая
Мария Попцова, Антон Воробьев выступали с докладом о прогностической системе ИИ для предсказания неблагоприятных исходов у пациентов с инфарктом миокарда 
25 апреля
«Зеркальные лаборатории» — одна из флагманских программ Высшей школы экономики, направленная на развитие внутрироссийских научных партнерств. За время реализации проекта было инициировано 41 научное исследование в партнерстве с 30 региональными вузами и научными организациями. К пятилетию «Зеркальных лабораторий» приурочена серия круглых столов, которые пройдут в ВШЭ 24–25 апреля.
23 апреля
Еще новости