Благодаря развитию технологий в области наук о живых системах, современная биология накапливает огромные массивы данных, для обработки которых необходимо владение специальными компьютерными методами и алгоритмами. Спрос на специалистов в области вычислительной биологии продолжает увеличиваться, и поэтому научно-учебная лаборатория биоинформатики решила провести школу, посвященную применению машинного обучения именно в этой области.
Изначально школа должна была пройти в кампусе НИУ ВШЭ, но из-за пандемии было принято решение провести ее онлайн. Благодаря такому формату углубить свои знания в области биоинформатики смогло гораздо большее количество слушателей: вместо запланированных 50 в школе приняли участие 126 человек, от студентов бакалавриата до обладателей PhD, из 22 стран и более чем 60 университетов.
Основные затронутые темы:
- Машинное обучение для изучения молекул;
- Использование машинного обучения для изучения генной регуляции;
- Подрывные технологии ИИ для молекулярной биологии и медицины;
- Глубинное обучение для определения вторичной структуры ДНК;
- Применение глубинного обучения для предсказания мутаций сайта сплайсинга;
- Изучение геномов в 3D;
- Глубокие генеративные модели для передачи знаний.
Попцова Мария Сергеевна
Руководитель школы, Заведующая научно-учебной лабораторией биоинформатики
"Несмотря на сложную ситуацию c пандемией, нам удалось собрать онлайн спикеров и участников из разных стран. Семь из десяти сессий провели иностранные эксперты из Израиля, Бельгии, Кореи, Гонконга, Великобритании и Германии, а среди участников были студенты из Бразилии, Мексики, США и Марокко. Также свои занятия провели ведущие ученые из ВШЭ, Сколково и МФТИ. Это был первый опыт организации международных онлайн-мероприятий, и он оказался очень удачным. Обучение и, главное, научное общение онлайн становятся необходимостью, и мы неожиданно для себя открыли преимущества, которыми обладает удаленная научно-учебная жизнь: появляются возможности встретиться, послушать лекции и поучаствовать в семинарах экспертов, которые, возможно, не нашли бы время и возможности приехать лично."
Ярон Оренштейн
Спикер школы, Университет Бен-Гуриона
"Мне выпала честь выступить на летней школе по машинному обучению в биоинформатике во ВШЭ. Вместе с моим студентом Маором мы рассказали о сверточной нейросети для связывания белков с ДНК. Участники семинара проявили большой интерес к теме, активно выполняли задания и участвовали в обсуждениях. К сожалению, пандемия помешала нам встретиться лично, и мне не хватало личного контакта с участниками и возможности послушать другие доклады. Надеюсь, что скоро мы снова сможем встретиться без недостатков онлайн-формата. В то же время хочется отметить и его плюсы: все мои студенты и многие специалисты по биоинформатике смогли принять участие в семинарах или посмотреть их записи, которые быстро выкладывали в свободный доступ. Я благодарю организаторов школы за их труд и надеюсь лично встретиться с ними в следующем году."
Марина Парр
Участница школы, PhD студентка, Мюнхенский технический университет
"Летняя школа по машинному обучению в биоинформатике стала для меня главным событием этого лета. На лекциях и семинарах эксперты области рассказывали нам о различных способах применения машинного обучения в биологии. Помимо основ анализа данных, мы рассматривали и более углубленные темы – устранение шума, несбалансированные наборы данных, переобучение. Хочется особенно отметить теплую и дружелюбную атмосферу школы. Организаторы приложили массу усилий, чтобы сделать взаимодействие в онлайн-формате максимально комфортным. Благодаря школе я не только приобрела новые знания, но и захотела узнать больше о машинном обучении и его приложениях в геномике."
Аймане Крича
Участник школы, PhD студент, Университет Уханя
"Я был очень рад поучаствовать в летней школе ВШЭ по биоинформатике. За пять дней я смог изучить многие достижения машинного обучения и их применение в биологии.
Как исследователь в области биоинженерии, я был поражен докладом профессора Ка-Чун Вонга (Городской университет Гонконга) "Подрывные технологии ИИ для молекулярной биологии и медицины: ДНК-мотивы, нецелевые эффекты CRISPR-Cas9 и скрининг рака по крови". Во время его презентации я обнаружил возможное решение задачи из моего исследования нецелевых эффектов CRISPR-Cas9. Желаю школе ВШЭ большого успеха и жду возможности снова принять участие!"
