Семинар ММО био: "Расшифровка отпечатков взаимодействий"

Расшифровка отпечатков взаимодействий по молекулярным поверхностям белков методами геометрического глубинного обучения
Докладчик: Марк Гарницкий, студент 4 курса ПМИ ФКН ВШЭ

Cовместная работа Института биоинженерии, Федеральной политехнической школы Лозанны,  Швейцарского института биоинформатики (Швейцария); Университета Сапиенца в Риме,  Института технологий видения Фонда Бруно Кесслера в Тренто (Италия) и Университетского колледжа Лондона (Англия). (“Deciphering interaction fingerprints from protein molecular surfaces using geometric deep learning”, Gainza et al.). Публикация в журнале Nature, 2019 г. Предсказание взаимодействий между белками и другими биомолекулами исключительно на основе структуры представляет собой важную задачу. Высоко-уровневое представление структуры белка и его молекулярной поверхности выявляет паттерны химических и геометрических характеристик, которые несут в себе отпечатки белковых взаимодействий с другими биомолекулами. Подразумевается, что белки, участвующие в похожих взаимодействиях, могут иметь общие отпечатки, независимо от их эволюционной истории. Эти отпечатки может быть трудно обнаружить визуальным анализом, но возможно распознать из больших наборов данных. Авторы представляют программный метод MaSIF (molecular surface interaction fingerprinting), основанный на геометрическом глубинном обучении, который способен обнаружить отпечатки, важные для специфичных биомолекулярных взаимодействий. Производительность демонстрируется на трех задачах – предсказание взаимодействия белковый карман – лиганд, сайта связывания белок-белкового взаимодействия, предсказания белок-белковых комплексов при быстром сканировании белковых поверхностей.

Время: 19:30 – 21:00
Место: Покровский бульвар 11, D509