Семинар МЛ биоинформатики «Математическое моделирование пространственной структуры белковых молекул»

МЛ биоинформатики проведет семинар на тему «Математическое моделирование пространственной структуры белковых молекул».

Моделирование пространственной структуры белка является вычислительно сложной задачей, связанной с большим числом степеней свободы, а значит, и большим числом переменных. Для упрощения этой задачи были предложены крупноблочные модели, упрощающие геометрию белковой молекулы. В докладе будет рассмотрена крупноблочная HP-модель, основанная на гидрофобности и полярности боковых цепочек белка. С помощью нее удается свести задачу предсказания белковой конформации к задаче комбинаторной оптимизации, в которой целевой функцией является число контактов между H-мономерами белковой цепочки.

Предложен ряд техник, ускоряющих предсказание пространственной структуры белка в HP-модели. Разработан новый точный алгоритм, позволяющий создавать как максимально плотные гидрофобные ядра, так и ядра с ограничением на максимальное число контактов между H-мономерами. Помимо этого, предложены способы фильтрации гидрофобных ядер и наборы ограничений для размещения белка в смоделированном гидрофобном ядре.

Спикер: Андрей Игнатов, аспирант и стажер-исследователь МЛ теоретической информатики

Где: Онлайн

Когда: 3 апреля в 18:00