Аспирант факультета компьютерных наук НИУ ВШЭ посетил Broad Institute при MIT и Гарварде

Никита Мошков рассказал нам о своём опыте в BroadInstitute, где он находился c 17 марта по 21 мая 2019 года

Никита, выпускник магистерской программы «Системная и программная инженерия» НИУ ВШЭ, сейчас учится в аспирантуре ФКН. Он проводит исследования под совместным руководством Аттилы Кертес-Фаркаша (Высшая школа экономики, Москва) и Питера Хорвата (Центр биологических исследований Венгерской академии наук, Венгрия, Сегед). Область исследований – прикладное машинное обучение для анализа биологических изображений. Поскольку Никита также работает в Центре биологических исследований, часть времени он проводит в Сегеде, а другую в Москве.

Про Broad Institute и как Никита туда попал

BroadInstitute при MITи Гарварде находится в Кембридже, штат Массачусетс. Научно-исследовательская деятельность института связана с биологией и медициной. Кроме того, там есть исследовательские департаменты, которые разрабатывают инструменты для проведения исследований. Я был в одном из таких департаментов – Imaging Platform. 

У группы Питера Хорвата (BIOMAG) и Imaging Platform уже был один совместный проект, и к нему присоединился еще один PhD студент. Кроме того, была также идея для нового проекта. Вот так я и принял участие в программе. 

Подготовка                                                                              

Я смог получить определенную финансовую поддержку. eCOST проводит различные грантовые программы. Моя небольшая научная миссия как раз подходила под программу CA15124 (Network of European Bioimage Analysts to advance life science imaging a.k.a. NEUBIAS). Чтобы получить финансирование, я должен был собрать определенный пакет документов: письма поддержки из своей и принимающей лаборатории, CV, мотивационное письмо и описание проекта. После того, как я отправил все документы, их одобрили. Официально финансовая поддержка ограничена 2500 евро и нужно отчитываться о расходах, в которые, как правило, входят транспорт и проживание. 

Чтобы попасть в США, мне нужно было получить краткосрочную академическую визу J1. Поскольку это был мой первый визит в США, мне пришлось пройти собеседование. Это было несложно, а сбор всех документов занял около 2-3 дней. Это было очень нервное время, потому что я хотел поехать, но никаких гарантий, что визу выдадут, у меня не было. Кроме того, билеты стоят очень дорого, если покупать их непосредственно перед поездкой. Мне вернули мой паспорт на следующий день после собеседования, и я, наконец, смог купить билеты и забронировать жильё. Все прошло гладко, и визу я получил. Сразу после этого я забронировал комнату через AirBnB. Вариантов было немного, потому что полет должен был состояться уже менее чем через 3 дня. Хорошо, что я вообще нашел комнату и очень быстро смог договориться с хозяином. Дом был расположен в Дорчестере, относительно дешевом районе с некоторыми недостатками: местоположение (дорога до BroadInstitute занимала около 50 минут), да и после захода солнца там было жутковато. Тем не менее, хозяин был очень любезным и добрым человеком, и я классно провёл там время. 

Я жил с тремя людьми: программистом из Бразилии, нидерландцем, который проходил стажировку в Массачусетской больнице, и еще с одним парнем из Вьетнама, как оказалось его мама из России. У нас не было особо времени поболтать, так как каждый из нас возвращался достаточно поздно. 

Проект

Как я уже упоминал ранее, я входил в группу Imaging Platform, которую возглавляет Энн Карпентер. Они известны разработкой программы CellProfiler, широко известной среди биологов, работающих с изображениями. Кроме того, у них довольно много статей в журналах с высоким импакт-фактором. 

Мой проект был связан с прикладным машинным обучением – нужно было обучить модели сегментации клеток и провести предварительный анализ имеющегося набора изображений. Надеюсь, что результатом нашей работы станет хорошая публикация. 

Я по-прежнему поддерживал связь с обоими моими руководителями, в основном с Питером, по поводу организации исследований и их прогрессом, а с Аттилой советовался в области машинного обучения. Люди из группы были очень доброжелательными и тоже помогали мне – было здорово поучиться у опытных исследователей. Я искренне благодарен им за их помощь. 

Впечатления

Первые 2-3 недели из 8, я чувствовал себя не в своей тарелке, так как жизнь в США отличается от жизни в Европе. Я тосковал по дому. Потом, конечно, стало полегче, но все же я чувствовал себя немного не по себе. 

Я представил отчёт о своей научной миссии, и в тот же день получил гораздо лучшие результаты –странное совпадение. 

В BroadInstitute проходят разные мероприятия, посвященные биологии и медицине. На выходных я дважды съездил в Нью Йорк – от Бостона до него всего 4 часа, и я побывал в кампусе Йельского Университета (Нью-Хейвен, около 2 часов на автобусе). Вдобавок, MIT расположен неподалёку от  BroadInstitute и в него легко попасть (там даже не спрашивают документы для входа), поэтому я ходил туда на семинары по биоинформатике и машинному обучению. Гарвард тоже рядом, ради открытого семинара о вирусах я даже побывал в его музее. Это прекрасное место, чтобы увидеть широко известных учёных и послушать их лекции и семинары.