Состоялся междисциплинарный форум «Кардиогенетика и биоинформатика: реалии 2024»
5–6 сентября прошел ежегодный междисциплинарный форум «Кардиогенетика и биоинформатика: реалии 2024». Он был посвящен проекту «Технологии машинного обучения в прогнозировании исходов острого коронарного синдрома», который реализуется в рамках зеркальной лаборатории. Над проектом работают международная лаборатория биоинформатики и научно-образовательный центр Медицинского института Сургутского государственного университета, которые и стали организаторами форума.
В мероприятии приняли участие представители зеркальной лаборатории и консорциума «Генетика сердечно-сосудистых заболеваний», который объединяет усилия научных групп и институтов из Москвы, Сургута, Санкт-Петербурга, Новосибирска, Архангельска и Тюмени для исследования генетики сердечно-сосудистых заболеваний.
Проект «Технологии машинного обучения в прогнозировании исходов острого коронарного синдрома» нацелен на создание прогностической системы на основе алгоритмов искусственного интеллекта для оценки рисков развития неблагоприятного события для персонализированного ведения пациентов с инфарктом миокарда.
В первый день форума с докладами выступили руководители зеркальной лаборатории Мария Попцова (ФКН ВШЭ) и Антон Воробьев (СурГУ), а также представители Национального медицинского исследовательского центра кардиологии им. акад. Е. И. Чазова, Гематологического научного центра, Центральной государственной медицинской академии, Российской медицинской академии непрерывного профессионального образования и других медицинских учреждений.
Доклады были посвящены таким темам, как генетика легочной артериальной гипертензии, геномика дилатационной кардиомиопатии, прогнозирование исходов острого коронарного синдрома, мультифакторные модели рисков сердечно-сосудистых заболеваний и так далее. Мария Попцова выступила с докладами «Модели машинного обучения для прогнозирования рисков серьезных сердечно-сосудистых событий у пациентов с инфарктом миокарда и различными генотипами VEGFR2» и «Флипоны как регуляторы клеточных программ и их связь с кардиопаталогиями». С полным списком докладов можно ознакомиться здесь.
Мария Попцова
Доцент департамента больших данных и информационного поиска, заведующая международной лабораторией биоинформатики, академический руководитель образовательной программы «Анализ данных в биологии и медицине»
В этом году мы празднуем пятилетие консорциума по кардиогенетике, и я с удовольствием отмечаю, что у нас с пятью участниками консорциума идут совместные проекты и планируются новые. Так, благодаря консорциуму возникла зеркальная лаборатория с СурГУ по теме ИИ в медицине, реализуются проекты по ИИ с компанией «Генотек». Совместно с Национальным медицинским исследовательским центром кардиологии им. ак. Е. И. Чазова, городской клинической больницей № 29 и проектом национальной генетической инициативы «100 000 + Я» мы исследуем генетические факторы, влияющие на диагностику и лечение заболевания.
Биоинформатика и кардиогенетика развиваются бок о бок, пусть пока не стремительными темпами. К ним еще присоединилось третье направление — ИИ — которое, как ожидается, прибавит стремительности. Мы растем так быстро, что нам не хватает рабочих рук для реализации всех задуманных проектов.
Антон Воробьев
Заместитель заведующего кафедрой кардиологии, ведущий научный сотрудник научно-образовательного центра Медицинского института Сургутского государственного университета, врач-кардиолог сургутского Центра диагностики и сердечно сосудистой хирургии
Ежегодный форум по кардиогенетике и биоинформатике — это молодая, но уже состоявшаяся научно-проектная площадка. Она активно развивается в рамках межрегионального консорциума по генетике сердечно-сосудистых заболеваний и привлекает большое число ведущих специалистов России в области ИИ, генетики и персонализированной кардиологии. Для меня ценность этого мероприятия заключается в обмене мнениями экспертов, объединении интеллектуальных усилий и биомедицинских регистров для новых прорывных проектов в анализе омиксных данных.
Все представленные доклады имеют высокую актуальность как в России, так и в мире, поскольку научное направление по анализу генетических данных кардиологических пациентов с использованием машинного обучения является одним из наиболее актуальных и относится к категории cutting-edge research.
Модели машинного обучения по прогнозированию отдаленных исходов инфаркта миокарда уже разработаны нашим совместным коллективом ВШЭ — СурГУ под руководством Марии Попцовой. Недавно в одном из ведущих мировых медицинских журналов Frontiers in Medicine мы представили статью с результатами этого исследования.
Дальнейший вектор развития — применение больших языковых моделей для анализа неструктурированной информации в десять тысяч медицинских карт больных с инфарктом миокарда с целью поиска новых факторов риска отдаленных осложнений этого заболевания, что заложено в совместный проект зеркальной лаборатории. Также большой интерес представляет близкое направление — глубокое обучение для разработки моделей компьютерного зрения, анализирующего лучевые и томографические снимки сердца и сосудов кардиологических пациентов.
Во второй день форума состоялась школа «Методы машинного обучения для анализа медицинских данных». В рамках школы были охвачены основные методы статистического анализа и предобработки пациентских данных, методы импутации пропущенных медицинских данных, построение моделей машинного обучения для предсказания неблагоприятных событий, сравнение предсказательной силы и методы интерпретации моделей, применение больших языковых моделей для анализа неструктурированных медицинских карт.
Форум «Кардиогенетика и биоинформатика: реалии» с каждым годом привлекает все больше новых участников, которые заинтересованы в сотрудничестве с международной лабораторией биоинформатики ФКН.