С помощью развитых IT-технологий в биологии и медицине можно достичь значительных результатов

С 20 по 25 июля в Подмосковье прошла Третья Летняя школа по биоинформатике для студентов, аспирантов и молодых специалистов биологических и технических специальностей. Студентка второго курса “Прикладной математики и информатики” факультета компьютерных наук Михаль Розенвальд рассказала, как прошла отбор, и поделилась своими впечатлениями от школы.

Первое знакомство с биоинформатикой

На первом курсе я занималась проектом «кластеризации раковых транскриптов» под руководством Виты Степановой и Игната Колесниченко. Я выбрала именно этот проект, потому что мне интересно внедрять математические модели, вычислительные методы в другие науки и сферы человеческой деятельности, применяя теорию к жизни. А с помощью развитых IT-технологий в биологии и медицине можно достичь значительных результатов. Благодаря проекту я узнала многое о биоинформатике. Нам рассказывали о генетике и о компьютерных методах решения биологических задач. Я узнала, что для того, чтобы начать работать в рассматриваемой области и даже решать базовые задачи на первых парах не обязательно хорошо разбираться в биологии. Я поняла, что биоинформатика и мединформатика - это именно те области, которые мне интересны, и я бы хотела продолжать развиваться именно в этом направлении.

Что это за проект?

Известно, что раковые опухоли могут характеризоваться различными степенями тяжести. В последнее время активно развиваются способы оценки степени тяжести опухоли по данным генной экспрессии. В рамках данного проекта студентам первого курса “Прикладной математики и информатики” предлагалось кластеризовать раковые транскрипты и сравнить свои кластеры с морфологическими наблюдениями.

Школа по биоинформатике

Про летнюю школу института Биоинформатики я узнала от своих менторов Виты и Игната. Заявок на участие было подано действительно много, около 700, отобрали 100. У нас было два потока (50 информатиков и 50 биологов), все участники были открыты к общению, делились знаниями и опытом друг с другом, стремились как можно больше узнавать о смежной специальности.
Приехало большое количество специалистов в различных направлениях с интересными лекциями. Организаторы и докладчики были готовы отвечать на любые вопросы и старались делать всё для того, чтобы информация, которую мы получили, была познавательна, полезна и доступна.
Те пять дней, которые мы провели  в летней школе, были восхитительными. Мы окунулись в среду биоинформатики, познакомились с большим количеством интересных и успешных людей. И желание продолжать изучать биоинформатику лишь окрепло!

Михаль Розенвальд и Дарья Вальтер, студентки образовательной программы "Прикладная математика и информатика", на Летней школе по биоинформатике

Научный проект в рамках школы

Кроме этого, во время школы были организованы научные проекты для желающих и прошедших ещё один дополнительный отбор. Их реализацией мы занимались на протяжении пяти дней школы.

Я принимала участие в проекте «Анализ данных секвенирования Т-клеточных рецепторов». Наша группа состояла из трех биологов, отвечающих за то, что каждый информатик понимал суть задачи, устройство работы иммунитета и методов секвинирования, и трех программистов, реализующих техническую часть. В этом проекте нам было необходимо научиться обрабатывать предоставленные данные в формате FASTQ, извлечь последовательности TCR (T-cell receptor) и определить, из каких фрагментов генома она состоит. Кроме этого, мы по шести наборам данных определяли, какие пары соответствуют близнецам, исходя из строения Т-клеток.

---

 

13 сентября, в День программиста, факультет компьютерных наук проведет мероприятие для школьников, на котором специалисты IT-компаний и сотрудники научных институтов расскажут о том, как разработки на стыке информационных технологий и других наук меняют мир. Одна из секций будет посвящена  связи ИТ и биологии. Участники Дня программиста смогут не только пообщаться с научными сотрудниками, но и принять участие в мастер-классах и конкурсах по направлению “ИТ+биология”. Зарегистрироваться на мероприятие можно уже сейчас.